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南瓜(Cucurbita spp)是一种重要的园艺植物，中国南瓜(Cucurbita moschata)类的育种，已形成了丰富品种资源。对中国南瓜种质资源的遗传多样性研究，有利于其种质资源的收集、保存、鉴定、创新和合理利用。分子标记能直接从DNA水平反映种质之间的遗传差异，是研究植物遗传多样性的有效工具。本研究采用了形态学标记和RAPD标记相结合，运用谱系聚类分析、主成分分析，主坐标分析对32份中国南瓜种质的遗传多样性进行了研究。主要结果如下： 1．南瓜形态学性状观察标准，对形态学性状的遗传多样性参数统计结果显示，有50个性状的变异系数较大(8.43％～101.22％)，表现了丰富的多样性。其中突出的是茎刺毛，嫩瓜和老瓜的皮色、斑纹形状、斑纹颜色，商品嫩瓜纵径，嫩瓜横切而形状，老瓜单瓜重等性状(35％～60％)。变异系数最大的是瓜形的性状(101.22％)。 2．从形态学性状的主成分分析得到，前3个主分量的累计方差贡献率达79.70％。第一主分量方差贡献率68.53％，其所包括的性状的特征值差异较小，概括了茎、叶、花、果、种子各类性状，说明了各种性状都表现出了丰富的形态学多样性。 3．形态学性状聚类中，32份材料在相似系数0.29处依据在分枝性，主茎色，茎刺毛，叶色，叶缘，叶面茸毛，叶面白斑，瓜形等性状可分为2个类群。其中材料Ⅱ5Bb 159，Ⅱ5Bb 233的相似系数最大，为0.70。其中第一类群中Ⅱ5Bb 188，Ⅱ5Bb 189，Ⅱ5Bb 222，Ⅱ5Bb 201，Ⅱ5Bb 206聚得较近；第2类群Ⅱ5Bb 200，Ⅱ5Bb207，Ⅱ5Bb 230，Ⅱ5Bb 208聚得较近。因其各种性状均相似之处。 4．100条随机引物中筛选出12条引物用于RAPD标记分析，在扩增出的112条带中，多态性带有79条，多态带比率为70.5％。RAPD分析供试材料在相似系数0.53处可划分为2个类群。其中瓜形为长圆筒形，长梨形和梨形的各聚在一块。 5．综合两种标记系统的分析结果可知，虽然均来自中国南瓜，但种内相关系数差异大，表现了丰富的多样性。并且形态学性状聚类与RAPD聚类不太一致。