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本研究利用11对扩增片段长度多态性(AFLPs)分子标记对东亚特有古老濒危植物连香树(Cercidiphyllum japonicum Sieb.et Zucc)的国内及日本共25个自然居群的遗传多样性及遗传结构进行了检测与分析。结果表明，连香树具有较高的物种遗传多样性。物种水平上多态条带百分比为97.25％，Nei’s基因多样性h为0.3100，香农信息指数I为0.473。鉴于连香树目前的濒危现状，物种水平较高的遗传多样性可能与其漫长的进化历史和曾经广泛的分布范围有关。然而居群水平的遗传多样性则较低，25个居群的平均值，多态条带百分比为67.04％，Nei’s基因多样性h为0.218，香农信息指数I为0.3294。这与物种的濒危状况相符合，说明小居群在进化上遗传变异趋于下降。居群间的分化系数Gst为0.2938，基因流Nm为0.6010，与AMOVA的分析结果较一致，得出分化系数Fst为0.221，说明居群间基因流较小，不足以维持居群间的基因交流，使得居群分化较强烈。另外，我们还针对性地研究了神农架地区南北坡四条河岸带分布的连香树的四个居群的遗传多样性水平，以及山体隔离对居群遗传结构和基因流的影响，结果表明神农架山体及相关的生态因子可能对连香树居群的基因交流产生了限制作用。综上，我们利用分子生物学技术研究连香树居群的遗传多样性和遗传结构，为科学合理地保护连香树资源提供了理论依据，并提出以下保护策略：对具有相对较高多态性云南巧家居群、湖北大老岭居群等建议进行就地，其他自然居群，应加强保护其生境，减少人为的干扰，避免生境的片段化。