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我国高等教育自1999年国家实施高校扩招政策后发展进程迅速,目前正在向高等教育普及化转变,担负着为区域培养人才和促进科技创新的使命。在城市规模不断扩张的背景下,城市群逐步演化为新的经济单元,在相关理论支撑下,以我国18个城市群为研究对象,选取1999、2009、2017年三个时间断面,分析我国自扩招后城市群高等教育时空差异及其区域经济效应,并为城市群格局下优化我国高等教育空间布局与提高高等教育区域经济效应提供相应的对策建议。研究结果表明:1)我国城市群高等教育发展水平具有梯度差异,在总量上无论是规模还是质量均呈现国家级城市群>区域性城市群>地方性城市群的空间分布,但在人均与占比角度,部分地方性和区域性城市群排名超过某些国家级城市群;2)各个城市群内部高等教育规模与质量的空间结构均呈明显的中心集聚分布,首位城市大部分为省会城市、直辖市等经济较发达的城市,城市群中各个城市之间在空间上的相关性较弱,联系不够紧密;3)随时间的推移、得益于政策因素,城市群高等教育规模与质量的区域差异逐步缩小,城市群内部高等教育质量较高的地区有微弱的扩散趋势;4)各个城市群高等教育的经济效应存在区域差异,经济发达、科技水平较高的国家级城市群高等教育人才培育对经济总量的带动效果较好,部分地方性和区域性城市群由于经济增长方式、高层次人力资本占比低等原因,人才培养对经济拉动效果不明显;5)各个城市群高等院校科研生产的经济效应在空间上也存在区域差异,院校规模大、科研力量雄厚的城市群科研生产经济效应较高,经济增长贡献不高的城市群科研投入往往不具有竞争力,其经济效应相对也较弱。根据研究结果提出以下建议:加强城市群内部高等教育领域的交流与合作以及中心城市的带动作用,增强各个城市群整体的高等教育综合实力;依靠政府调控,推进城市群之间高等教育投入资金的合理调配,促进各个区域的城市群之间高等教育资源合理配置;加强高等层次院校对人才培养质量的提升和科技研究成果的转化效果,提高高新科技产业产值,促使人才结构与经济结构相匹配,促进高等教育与经济形成良性的互动。