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目前，社会保障事业进入高速发展时期，社会保障政策变化快，业务范围不断扩大，相关信息量急剧增加、数据交换非常频繁。在社会保障的几大险种中，医疗保险关系相对比较复杂，包括参保人、管理机构、医疗保险经办机构、医院和药店等多个主体，医院、医疗保险机构与参保人之间形成较为错综复杂的医、保、患关系。新型农村合作医疗是医疗保障制度的一部分，在不断发展的同时也暴露出了医疗报销手续繁杂、基金沉淀现象过多、管理部门混乱等一系列问题，究其根本，除制度设计本身存在的缺陷外，新农合管理机制的不健全，管理手段和管理模式粗放落后是最主要的原因。因此如何采取有效措施提高新农合管理水平，确保该制度的顺利运行是当前我们急需解决的问题。
本文在对国内外医疗保障信息化研究做了梳理的基础上，运用社会保障学、管理学、计算机科学等学科的相关理论，采用访谈调研法、案例分析法、理论与实践相结合的研究方法，对云南省医疗保险信息化建设在医保平台、架构模式、网络建设、医疗保险各种系统建设、社会保障卡、异地就医等方面的现状作了详细的分析，并以云南省新农合医疗保险业务流程作为分析问题的对象，从信息化角度分析业务流程存在的问题的主要原因是信息资源共享困难，然后分析出阻碍信息资源共享的因素有部门利益分割、传统行政体制观念根深蒂固、缺乏统一规划、信息标准不统一及基层建设不完善，进而提出在管理方面要协调部门利益，建立新农合信息资源共享机制、深化行政体制和管理模式改革与创新、加强总体规划从长远考虑，建立绩效评估机制，优化信息化建设能力;在技术方面要加强新农合管理信息系统建设、统一信息化标准、完善基层建设，建立全省互联的新农合信息网络的的新型农村医疗保险信息化建设对策。