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目的：新型农村合作医疗制度保障能力是评价新农合实施成效的重要指标，是推进新农合市级统筹和完善相关政策必须了解和掌握的核心信息。为了解新农合制度运行状况和保障水平，研究探讨重庆市城口县新农合补偿方案、筹资标准、药品价格、医疗费用以及农民人均收入等与新农合制度保障能力的关系，为进一步完善重庆市新农合补偿方案和实现全市统筹提供有价值的参考。方法：以地处重庆东北、人均主要经济指标处于全市中等水平、实施的新农合政策与重庆市基本一致的城口县为研究基地，调查收集2007-2011年城口县卫生局、财政局、统计局、医疗保险管理局、城口县新农合县乡（镇）定点医疗机构相关数据资料，并对参加新农合的180位住院患者进行问卷调查。结果：调查显示城口县2007-2011年经济发展和卫生投入状况良好，新农合个人筹资和人均财政补贴增长较快，筹资总额年均增长60.3%；农民个人自筹部分占农民人均纯收入的比例最高年份为0.66%，远低于专家提出的筹资水平；2007-2011年新农合补偿后，住院费用构成灾难性支出的家庭比例平均降低了6.28%。2010年城口县新农合保障水平适度性为4.3%。研究还发现影响新农合整体保障能力的关键因素是医疗总费用，而药品价格又是影响医疗总费用的主要原因；影响参合者个体保障能力的主要因素为筹资标准、补偿方案、目录内药品使用及价格、基金使用率和人均住院未纳入补偿的费用等，且五者之间相互作用并存在一定因果和制衡关系。结论：城口县经济社会发展状况总体良好，农民收入稳步增加，卫生事业投入力度较大，新农合参合率及筹资标准稳步提高，人均住院实际补偿水平总体呈上升趋势。但新农合补偿制度设计较为保守，保障能力有限，影响保障能力的因素较多，农民疾病负担依然沉重，新农合保障水平的适度性处在较低水平。应通过适当提高筹资标准、调整完善补偿方案、严格控制医疗费用和提高基层医疗机构服务能力等提高新农合保障能力。