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本研究利用EST-SSR和SRAP两种分子标记技术，对我国簕竹属和牡竹属的45个竹种或变型进行基因组多态性分析，在DPS9.5软件中，统计扩增产物来计算Jaccard遗传距离，以NeiLi最短距离法建立聚类分析图，主要结果如下：以毛竹叶片DNA为模板，利用均匀设计对毛竹EST-SSRPCR反应体系进行优化筛选，最终确立了毛竹EST-SSRPCR最佳反应体系，即：10×PCRbuffer(含Mg2+)2.5μl，TaqDNA聚合酶1.5U，Mg2+1.0mM，dNTPs0.1mM,andprimer0.48μM通过梯度PCR筛选得到相应引物的最佳退火温度为52.4℃。对优化出的EST-SSRPCR反应体系进行稳定性检测，结果均能获得丰富、稳定、清晰可辨的DNA谱带。对来源于NCBI的非冗余3087条毛竹EST进行SSR搜索发现：401条毛竹EST中共查找到408个SSR位点，平均6.8kbEST序列中含1个SSR，其中二核苷酸（43.14%）和三核苷酸重复（49.75%）是主要类型，最常见的重复基序是（AG）n，占37.01%，当SSR长度等于18bp时，所检测到的SSR数量最多，达140条。根据搜索结果设计了182条毛竹EST-SSR引物，对引物进行了稳定性、通用性的验证与评价，其中39对引物存在多态性。依据扩增结果进行遗传相似性分析，聚类结果与形态学分类基本一致，说明从毛竹中开发的EST-SSR标记可用于竹子种内或种间的SSR标记分析，研究竹类种质资源遗传多样性。25对EST-SSR引物用于45份簕竹属和牡竹属DNA样品的扩增，共扩出203条清晰重复性好的条带，平均每个引物扩增的位点数为8，其中166个位点具有多态性，多态性位点百分率（PPB）为81.77%，平均遗传距离为0.4901，遗传幅度为0.1017-0.7931。综合多态性谱带得到45份所选竹种的分子标记检索表，为竹种亲缘关系鉴定提供了分子方面的理论基础。同样10对SRAP引物扩出53条谱带，多集中在250-500bp，平均每个引物扩增的位点数为5，其中37个位点具有多态性，多态性位点百分率（PPB）为69.8%，平均遗传距离为0.4331，遗传幅度为0.1017-0.8817，以上数据初步表明簕竹属和牡竹属竹种在DNA分子水平上遗传多样性丰富。簕竹属与牡竹属间具有争议竹种的聚类结果如下：慈竹在遗传距离为0.4750处与大琴丝竹聚在一起后，又在遗传距离0.7822处与簕竹属的其他竹种聚为一类。绿竹在遗传距离0.7704处与牡竹属的其他竹种聚为一类。黄竹在遗传距离0.7822处与簕竹属的其他竹种聚为一类。单竹、麻竹的聚类结果与方伟、童再康在同工酶的研究结果一致，分别归属于簕竹属、牡竹属。