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圆筒吻鮈(Rhinogobio cylindricus)是长江中上游及其支流的特有鱼类。近年来,随着水电工程、环境污染、过度捕捞、外来物种入侵等多因素的干扰,使水生生物多样性面临巨大的挑战。三峡大坝蓄水水位的不断提高,向家坝水利工程的投入使用,都严重影响长江上游鱼类的栖息地和生物量,圆筒吻鮈的群体数量也相应减少。为了对圆筒吻鮈的生物资源提供有效保护,必须对其遗传结构有充分的了解。本文采用两种分子标记(线粒体DNA分子标记和微卫星标记)探讨长江上游宜宾(YB)、万州(WZ)、江津(JJ)和合江(HJ)四个圆筒吻鮈群体的遗传结构。研究结果主要如下：(1)分析了122尾圆筒吻鮈的线粒体Cyt b序列,共检测出22个单倍型,62个变异位点,圆筒吻鮈种群平均单倍型多样性指数为0.716,平均核营酸多样性指数为0.01006,单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数最高的均为宜宾群体。分析112尾圆筒吻鮈的控制区序列,共检测出30个单倍型,60个变异位点,平均单倍型多样性指数为0.840,其中单倍型多样性最高的为宜宾群体,平均核苷酸多样性指数为0.01278,核苷酸多样性指数最高的为万州群体。合江(HJ)群体中,可能由于样本数量较少,导致两种线粒体分子标记中Hd指数与π指数都相对偏低。(2)构建的单倍型网络结构图和单倍型系统发育树均显示圆筒吻鮈的单倍型分布与地理位置没有明确的相关性。对Cyt b序列和控制区数据进行分子变异方差分析(AMOVA),结果表明群体间遗传分化很小,变异主要存在于群体内。两种分子标记的群体固定分化指数F。t均为负值,表明4个群体间呈低度分化。(3)分别以Cyt b序列和控制区序列数据进行错配分布分析、Tajima’s D和Fu’s Fs检验圆筒吻鮈4个种群的历史变动,结果均显示圆筒吻鮈未经历过种群扩张。(4)利用9个微卫星座位分别分析宜宾(YB)、万州(WZ)、江津(JJ)和合江(HJ)四个群体,等位基因数介于6.8889(HJ)-14.0000(JJ)之间,平均值为10.3333,基因丰富度较高：期望杂合度介于0.7518(HJ)～0.7845(WZ)之间,平均值为0.7704；观测杂合度介于0.6880(JJ)～0.7879(HJ),平均值为0.7373；多态信息含量值介于0.66784(HJ)～0.72903(WZ),平均值为0.68095,属高度多态。(5) AMOVA分析结果表明,圆筒吻鮈的遗传变异主要存在于种群内部,只有少部分变异来源于种群间；遗传分化指数Fst=0.03036(P=-0.00000±0.00000),说明圆筒吻鮈群体间不存在显著的遗传分化。进一步计算遗传距离,表明万州和宜宾圆筒吻鮈的遗传距离最大为0.9269,合江与江津之间的遗传距离最小为0.7187。