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长期以来，我国为了提高农业产量，在农业生产中大量使用化肥、农药等化学投入品，促使农业面源污染问题日趋严重。农业面源污染已成为水体、土壤污染的重要污染源，使我国农业生态系统面临退化，农业生态安全遭到危害，同时污染物通过水和食品等损害到人民的健康，更为重要的是对农业和农村经济的可持续发展构成严重威胁。因此，我国政府近几年来开始高度重视以农业面源污染为主要特征的农村环境问题，并把农村环境保护与治理作为一项基本国策，先后制定多项法律法规规范农业污染治理问题，防治农业面源污染已经成为我国“十一五”以来很长一段时期内农业与农村发展的重大课题，也是新农村建设首要解决的问题之一。因此，对我国农业面源污染进行研究对农村环境保护和农业可持续发展具有重要的理论和实际意义
本研究首先总结了欧洲、美国及日本等农业发达国家对农业面源污染治理的成功政策，并借鉴吸收他们的经验，特别着重阐述了与我国同样面临着人多地少的困境的日本采取的防治农业面源污染的措施。日本通过组建农协这一半官半民的形式合作组织，将大农场的规模效应同小农经济结合，在保护农业生态环境方面取得了丰硕成果，它以一种柔性的方式将分散的污染者通过农协的服务渠道集中了起来，为环境管理公共服务政策提供了一种很好的模式。这种公共服务的提供模式为我国提供很好的借鉴。其次，运用利益相关者理论、博弈论和交易费用理论等方法，对农业面源污染治理过程中的主要利益主体：政府、农户和农企农协三者之间产生的权利-利益矩阵进行研究，分析污染治理中三个主要利益主体的行为，从而对现有农业面源污染治理理论模式进行了进一步总结并对其可行性加以分析。在此基础上，论文以江苏省环太湖地区为具体案例，通过对环太湖地区农业面源污染治理过程中政府、农户和农企农协的行为的调查，分析了太湖流域农业面源污染的来源、成因以及现行治理政策存在的主要问题。最后，提出了构建我国农业污染治理政策体系框架及具体政策措施，优化农业面源污染治理措施。