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近年来，国内外河流生态系统健康评价的研究逐渐增多，而对中小河流生态系统健康评价的研究则相对较少。本文在综述国内外河流生态系统健康评价理论及其案例研究的基础上，结合我国中小河流特点，提出适宜于中小河流特别是山区中小河流生态系统健康评价的指标体系，并以重庆鱼溪河生态系统健康评价为例，结合专家咨询法和层次分析法，对鱼溪河分段进行了健康评价。在评价的基础上，提出了中小河流健康管理的对策。论文的主要内容和取得的成果如下:
1.河流生态系统健康概念的发展已有二十多年。论文在详细论述已有理论研究成果的基础上进行了归纳、提炼。认为河流生态系统健康的基本内涵就是河流结构稳定、功能完整、系统各组分间保持相对平衡，对自然干扰的长期效应有抵抗力和恢复力，有必要的生态用水和良好的水质，能满足河流自身发展和人类服务可持续供应的需要。
2.提出了适宜于我国中小河流健康评价的原则、表征因子、指标权重、评价模型。确立了以河流水文水资源状况、水质状况、水生生物及生境状况、社会服务状况4个方面12项指标（其中富营养化指数和天然湿地保留率2个指标为备选指标）为表征因子的中小河流生态健康评价指标体系。
3.对鱼溪河生态系统健康进行了评价。将鱼溪河分惠民镇上坝村上游、惠民镇上坝村到迎龙湖水库坝址、迎龙湖水库坝址下游三段进行评价，健康状况分别为亚健康、不健康和亚健康，与鱼溪河实际情况基本吻合。同时提出对鱼溪河的治理要采取分段治理和修复的措施:(1)惠明镇上坝村上游河段，在已建污水处理厂的基础上，结合该河段非汛期生态流量保障程度不足的现状，应重点加强对河流两岸土地利用的管控，确保河流有足够宽度的生态廊道，兴修小型水利工程对河道径流进行适度调节，同时对河道清淤，控制农业面源污染;(2)惠民镇上坝村到迎龙湖水库坝址，该河段虽被划分为饮用水源保护区，但由于该地处惠民镇及其下游河段，人类活动较频繁，场镇生活污水和工业废水排放导致该河段水质污染严重，河流生境同质化明显。必须加大管理力度，从污染控制、生境恢复等多方面进行综合保护与治理，确保饮用水源保护区的功能正常:(3)迎龙湖水库坝址下游，该河段非汛期生态流量保障程度不足，水质超标;应对该河段进行严格的土地利用管控，充分利用生物措施净化水质。