钩体56602株全基因组测序及比较基因组分析

• 作 者: 丁夏丽
• 机 构: 上海交通大学
• 出 处: 上海交通大学
• 发表日期: 2016年期
• 关键词: 钩端螺旋体 基因组学 毒力因子 Sanger测序 生物信息学

目的：　　本文第一部分中，主要对钩端螺旋体56602株进行了全基因组测序及比较基因组分析，以期发现博氏钩体56602株毒力减弱的原因，及其对环境的适应性，补充钩体基因组数据库。　　方法：　　我们通过454焦磷酸测序结合Sanger测序技术，完成了56602株全基因组测序；然后，我们将其与已完成全基因组测序的五株钩体，博氏钩体L550株，JB197株,56604株，问号钩体56601株以及双曲钩体Ames株运用生物信息学等方法进行比较基因组分析。　　结果及结论：　　博氏钩体56602株有两个环状染色体，共编码2372个蛋白。与博氏钩体L550株及JB197株相比，56602株的染色体分别小4.6%及3.2%，此外，56602株基因组中的插入序列远少于这两株博氏钩体，且仅有一个位于小染色体上的插入序列是完整拷贝。56602株的O抗原基因簇由108个基因组成，通过序列同源性比较分析发现，其中62个基因可能是通过水平转移从问号钩体中得到的。此外，还有三个基因簇也可能是从问号钩体中通过水平转移得到的。毒力相关蛋白，比如Lig表面蛋白，溶血素，鞘磷脂酶，富含亮氨酸的蛋白，纤维连接蛋白，胰蛋白酶样丝氨酸蛋白酶，LfhA蛋白，Loa22蛋白，脂蛋白或者外膜蛋白；信号转导蛋白或者环境适应相关蛋白，这些蛋白相应编码基因的缺失或突变，可能导致56602株形成毒力的减弱及严格的宿主间传播途径。　　目的：　　本文的第二部分主要研究载银载抗生素纳米颗粒的抗菌活性。　　方法：　　使用大肠埃希菌GN102及肺炎克雷伯菌39，通过体外的MIC（最低抑菌浓度）及杀菌曲线实验，体内的小鼠腹膜炎模型实验，来研究纳米颗粒的抗菌性。　　结果及结论：　　通过体内外实验发现，证明载银载抗生素纳米颗粒具有良好的缓释性及安全性，其逐渐释放的银离子及左氧氟沙星可以起到良好的协同抗菌作用。