【摘 要】
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种系发生树问题是生物学的基本问题,它在分子生物学中主要是帮助理解分子的进化关系.现在随着序列信息的大量出现,开展分子进化的研究具有了极好的时机.传统的构建系统发生树
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种系发生树问题是生物学的基本问题,它在分子生物学中主要是帮助理解分子的进化关系.现在随着序列信息的大量出现,开展分子进化的研究具有了极好的时机.传统的构建系统发生树都需要建立在序列对齐的基础上,然而每个物种都有其自身的基因成分和基因顺序,还有基因规模的差异使得对齐无法实现.近二十年来,大部分这方面的工作都基于非对齐的序列进行的.该文就基于非对齐的序列提出两种进化距离的度量方法.一种是离散增量,一种是鉴别信息,并分别通过实验验证了定义的有效性.全文分为四部分.第一章介绍了此问题的生物背景,及最近的发展.第二章介绍了一些基本知识,包括字频率的概念及邻域连接法.第三章介绍离散增量并将离散增量应用到序列比较中,通过构建系统发生树对结果进行比较来验证其合理性.第四章介绍鉴别信息并将鉴别信息用于序列比较近似代替进化距离,通过构建系统发生树对结果进行比较来验证其合理性.
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