【摘 要】
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基因组测序结果表明,基因组非编码区域转录RNA现象在哺乳动物中普遍存在。尽管非编码RNA被过去的研究认为是基因转录噪音,但近年来越来越多的研究结果表明它们在生物体中发挥
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基因组测序结果表明,基因组非编码区域转录RNA现象在哺乳动物中普遍存在。尽管非编码RNA被过去的研究认为是基因转录噪音,但近年来越来越多的研究结果表明它们在生物体中发挥重要功能。在诸多类型的非编码RNA中,长非编码RNA近年来引发了广泛的研究关注。研究结果表明,长非编码RNA或通过转录调控和转录后调控的方式调节靶基因表达,或与其他生物分子结合,进而发挥丰富的生物功能,诱发或抑制复杂疾病的发生与发展。长非编码RNA数量庞大,给研究带来不小的挑战。与编码基因中研究重要基因类似,研究功能重要但数目较少的重要长非编码可以快速刻画长非编码RNA的功能特性。尽管已有研究强调研究重要长非编码RNA的重要性,但目前无论是从生物实验方面,还是从计算模型方面,针对重要长非编码RNA功能与特征的具体研究都相当匮乏。受编码基因研究中筛选重要基因方法启发,本文将网络节点中心性用于基因—长非编码RNA双色网络,结合已知重要基因,运用统计检验方法筛选重要长非编码RNA。对于筛选出的119条重要长非编码RNA,从两个方面分析了它们的功能。首先进行了组织特异性分析,通过计算组织特异性得分筛选出组织特异性长非编码RNA,分析发现其功能和对应组织功能存在一致性,表明它们作为重要长非编码RNA的原因之一;其次进行了模块分析,利用ClusterONE算法挖掘双色网络功能模块,在模块中分析了重要长非编码RNA和重要基因的功能关联性,进一步说明了重要长非编码RNA的重要意义。进一步的模块功能富集分析结果揭示,重要长非编码RNA对模块功能行使具有重要作用。本文对重要长非编码RNA的研究还相对初浅,虽然揭示出一些重要长非编码RNA表现出的功能特性,但对背后的生物机理缺乏深入研究。希望本文工作能推动重要长非编码研究的进展。
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