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广藿香Pogostemon cablin(Blanco)Benth.和穿心莲Andrographis paniculata(Burm．f.)Nees是广药中的道地药材，具有清热解毒和抗菌消炎的药理功能。目前有关广藿香和穿心莲的研究主要集中在栽培、药理成份和药理作用方面，迄今世界上还未见这两种药用植物内生真菌方面的研究报道。大量的研究表明，植物内生真菌与其宿主长期协同进化能够产生与宿主相同或相似的生物活性物质。因此进行广藿香和穿心莲内生真菌多样性研究，不仅可丰富我国真菌资源的宝库，也为该二药用植物内生真菌的开发应用积累有价值的资料。
通过对广州、肇庆和阳江三地广藿香、穿心莲的不同时间采集和分离，自该两种药用植物不同部位的3045个组织块中共分离获得内生真菌2663株；然后，依据人工培养状态下的形态特征，并结合其菌株的ITS序列分析，对所分离菌株进行了鉴定，共有26属47个分类单元，分属于半知菌亚门和子囊菌亚门的7个目、10个科，其中包括2个全型真菌新种和6个中国真菌新纪录种，分别为Glomerella pogostemonis Y.X．，Zhang，p.G Xi et Z．D．Jiang sp.nov．(Anamorph：Colletotrichum pogostemonis Y X．，Zhang,p.G Xi et Z．D．Jiang sp.nov.)、Glomerella boninese Y X．，Zhang et Z．D．Jiang sp.nov．(Anamorph：Colletotrichum boninense Moriwaki，Toy．Sato&Tsukib.)、Arthriniumhispanicum Larrondo & Calvo、Bipolaris micropus(Drechsler)Shoemaker、Hypoxylon vinosopulvinatum Y-M．Ju, J．D．Rogers et Hsieh、Paraconiothyrium sporulosum(W．Gains& Domsch) Verkley、Phaeoseptoria musae Punith．和Pteroconium intermedium M．B．Ellis。所有被鉴定菌株均有培养性状照片、形态显微照片和形态特征描述，丰富了药用植物内生真菌的研究资料。
广藿香和穿心莲内生真菌的多样性分析结果表明，不同组织内生真菌的分离率呈现出明显的规律性，叶片上内生真菌的分离率高于茎高于根，且该分布规律不受采样时间和采样地点因素的影响。比较广藿香在广东省中药研究所药圃、华南植物园药圃、广州萝岗广藿香GAP基地和肇庆广藿香种植场4个地方内生真菌的发现，华南植物园药圃内生真菌最为丰富，分离率最高达1.02，广东省中药研究所药圃和肇庆广藿香种植场次之，广州萝岗广藿香GAP基地内生真菌的分离率最低，只有0.38；内生真菌的多样性，以肇庆广藿香种植场种类最多达12种，多样性指数也最高，为1.2896，其它3个地方种类均等，多样性指数差异不大。比较穿心莲在广东中药研究所药圃、广州中医药大学药圃和阳江阳春广东省三叶农场3个地方内生真菌的分离率和多样性发现，3个地方内生真菌分离率差异不显著；在内生真菌的多样性方面，阳春广东省三叶农场种类和多样性指数明显高于其它两地(19种，2.8304)。广东中药研究所药圃的分离率虽然比中医药大学药圃的略高，但内生真菌多样性指数和种类明显低于广州中医药大学药圃，表明内生真菌的分离率和多样性没有必然联系。以植物病原真菌、动物致病真菌和致病细菌为指示菌，对华南植物园药圃、广州萝岗广藿香GAP基地、肇庆广藿香种植场和阳春广东省三叶农场1167株内生真菌的抗菌能力进行了初步筛选，其中多节孢属菌株ychs-田-J31和chst73表现出广谱、高效的抗菌效果，对植物病原真菌茄链孢Alternaria solani，3种动物致病真菌须癣毛癣菌Trichophy mentagrophytes、犬小孢子菌Microsporum canis和白色念珠菌Candida albicans及2种致病细菌金黄色葡萄球菌Staphylococcus aureus和藤黄微球菌Micrococcus aureu均有较强的抑制作用，具有较好的开发利用前景。