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新型农村合作医疗制度是我国社会医疗保障体系的重要构成部分。广东省自2003年以来大力推进新型农村合作医疗制度的试点，在参合率、筹资水平、保障程度等方面都处于全国前列。广东省新型农村合作医疗制度不断创新，不论在筹资、补偿还是基金管理方面都开创性地尝试了多种模式。但新型农村合作医疗制度也出现出不少问题，筹资与受益的公平性即是其中之一。
本文综合利用洛伦兹曲线、基尼系数、集中曲线、集中指数、Kakwani指数等方法，运用广东省2004～2007年的新型农村合作医疗数据，对不同地区筹资与受益的公平性进行分析。结果显示，参加合作医疗农民的个人筹资存在较大不公平性，但政府筹资缓解了总体筹资的公平程度。门诊补偿的公平性优于住院补偿。2005年住院补偿存在较大不公平性，但2006年有所缓解。
新型农村合作医疗筹资与受益公平性的影响因素分析显示，地方经济发展水平，农民收入等经济因素与筹资、受益的直接相关性不大。新型农村合作医疗制度的设计，包括起付线、封顶线、报销比率等规定对筹资与受益水平的影响更大。因此，要解决筹资与受益公平性的问题，必须从制度设计出发，达到筹资与受益的良好平衡。