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牙鲆是我国海产名贵经济鱼类，其人工养殖始于20世纪90年代，目前已发展成为北方和福建沿海的重要养殖对象。但是所养殖的牙鲆无品种可言，繁殖亲本主要来自海捕野生鱼或经过数代养殖的野生鱼，没有经过人工选育，其子代生长速度较慢，抗病力差，适应集约化养殖能力较弱。因此，开展其遗传改良研究，培育生长速度快等经济性状良好的牙鲆优良家系对于保护牙鲆自然资源和满足当前养殖业的迫切需要具有极其重要的意义。双单倍体（doubled haploid, DH）牙鲆是中国水产科学研究院北戴河中心实验站诱导有丝分裂雌核发育建立的家系，它具有纯合度高，性状分离明显等优点，是珍贵的遗传学研究材料。骨骼性状是受遗传因素的影响大，受外环境影响小的数量性状，筛选与骨骼性状相关的分子标记对标记辅助育种具有重要意义。本研究以62尾完全纯合的双单倍体（Double Haploid，DH）牙鲆作为实验群体，通过检测母本的多态性及在子代种的分离情况筛选出了106对条带清晰、无严重偏分离微卫星引物。利用X影像下的骨骼标本为材料，对双单倍体的肋骨长、腹鳍担骨长、背鳍担骨长，以及背肋长、腹肋长、脊椎骨高等骨骼性状进行遗传分析，旨在为牙鲆生长性状的QTL定位及良种选育提供基础数据。研究结果如下：1.二龄成熟牙鲆体重与体长的相关系数ryx1=0.797，体重与体高的相关系数ryx2=0.939，体长与体高的相关系数rx1x2=0.799，各性状间表型相关系数均达极显著水平（P<0.01），这些性状适宜作为选育指标进行选择育种。2.获得牙鲆体长、体高对体重的回归方程Y（体重）=–1674.681+10.781X1（体长）+141.589X2（体高）（R2=0.887）；牙鲆肋骨长、腹鳍担骨长、背鳍担骨长对体高的回归方程Y（体高）=0.043+1.142X1（肋骨长）+0.517X2（腹鳍担骨长）+0.878X3（背鳍担骨长）（R2=0.974）；牙鲆背肋长、腹肋长、脊椎骨高对肋骨长的回归方程Y（肋骨长）=–0.014+1.033X1（背肋长）+0.893X2（腹肋长）+1.490X3（脊椎骨高）（R2=0.995）。3.筛选出22对与9种骨骼生长性状显著相关微卫星标记（P<0.05）。其中，与体重显著相关的标记有3个（P<0.05），与体长显著相关的标记有11个（P<0.05），与体高显著相关的标记有9个（P<0.05），与肋骨长显著相关的标记有10个（P<0.05），与背肋骨长显著相关的标记有7个（P<0.05），与腹肋骨长显著相关的标记有11个（P<0.05），与背鳍担骨显著相关的标记有5个（P<0.05），与腹鳍担骨显著相关的标记有13个（P<0.05），与脊椎椎高显著相关的标记有8个（P<0.05）。这些标记反映牙鲆的生长性状，为今后牙鲆的遗传育种工作提供有效的分子标记。4.筛选出5对与双单倍体牙鲆骨骼畸形发育显著相关的标记（P<0.05）：Poli13-2TUF、Poli34TUF、Poli144TUF、Poli278TUF、Po15，其中，Poli13-2TUF、Poli34TUF、Poli144TUF、Po15均分布在第10号连锁群。可以针对10号连锁群进行SSR及EST-SSR分子标记的筛选与连锁定位分析。以上研究结果，是国内首次利用X影像下的骨骼性状为数据，分析双单倍体牙鲆的肋骨长、腹鳍担骨长、背鳍担骨长与分子标记的相关关系，筛选出22个显著相关的分子标记（P<0.05），为分子标记辅助育种提供了重要的基础数据。