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建立健全区域协调发展的体制机制是国家“十二五”规划时期重要的制度建设，主体功能区划作为其中最为关键的组成部分，需要通过政策体系的完善来实现区划的价值目标。土地发展权区域转移应当是主体功能区划土地政策的核心，面对紧迫的现实需求与严格的制度约束，加强主体功能区划的政策体系与现行制度的衔接显得尤为重要。土地发展权转移将帮助主体功能区划发挥其协调区域发展与协调人地关系的功能，在现有制度的基础上进行必要的改革是实现目标的根本途径。人口众多，土地资源人均占有量小在相当长一段时间内是我国的基本国情。优化土地利用结构，最大程度地提高土地资源利用效率，发挥土地的最大功能，是保障可持续发展的重要手段。主体功能区划提出了土地发展权转移的宏观思路，目的在于提高用地效率，并且实现人地协调与区域协调。现行耕地占补平衡制度存在较多问题，与主体功能区划的价值目标与政策需求存在冲突，而主体功能区划的理论基础尚显不足。在农地保护多元目标下，需要构建以保护生态系统、粮食生产能力、经济发展的综合目标的农用地保护体系，土地发展权转移将会促进体系的形成并保障体系的运行。在新的目标下，针对当前土地利用中的数量平衡问题，提出区域土地利用的经济分工与生态分工，并认为建立土地发展权转移机制是保障土地利用分工的关键，对现有土地发展权转移实践进行系统梳理，探索利用土地发展权转移这样一种制度，协调土地利用关系，保护生态用地、农业用地、开敞空间，高效利用建设用地，实现经济、社会、环境的三维目标。本文结合区域经济学、土地经济学、环境与自然资源经济学等多学科的理论与方法，对土地发展权区域转移的实现机制进行了相关探索。全文的内容安排，除引言和结论外，分为以下三个部分：第一部分为文献综述。该部分对主体功能区划的土地政策、土地发展权及其转移、其他相关研究三个方面的研究文献进行了综述。第二部分为土地发展权转移的国内实践考察。从国家对土地发展权转移的法律法规入手，分析土地发展权制度在中国实行所面临的制度障碍。然后分析国内已出现的土地发展权转移制度“雏形”，探索其操作模式与制度建设，总结了国内土地发展权转移探索所揭示的一般规律。第三部分为土地发展权转移的体制机制探索。分析了现行耕地占补平衡制度与土地利用总体规划的建设用地总量控制制度的利弊，提出了建立中国土地发展权转移制度的基本思路，把中低产田改造作为土地发展权转移的重要目标，并探索了若干实现形式。