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微生物的多样性可以反映出其生存环境的生态情况，因此土壤微生物多样性是土壤环境质量的重要指标。研究土壤生物修复过程中土壤细菌群落的变化，对探讨环境修复的生物学机理具有重要的理论指导意义。
采用淹水培养后的模拟铬污染土壤为供试材料，污染土壤修复处理方式为淹水处理10d(S2)，添加Fe(OH)3并淹水10d(S3)及20d(S4)，以土壤自然淹水处理为对照(S1)。采用三种方式直接提取土壤中总细菌DNA，利用细菌专一引物63F/1387R．克隆细菌16SrDNA片段。将扩增片段与pMD19-T载体进行连接反应，转入大肠杆菌JM109中，建立土壤细菌16SrDNA克隆文库。利用菌落PCR方法，通过蓝白斑筛选随机挑取约200个阳性克隆子，用pMD19-T载体通用引物M13重新扩增插入的16SrDNA片断。将纯化后的菌落PCR产物用Rsa Ⅰ消化，酶切产物经8％丙烯酰胺凝胶电泳分离，银染显色，形成了各个克隆文库的RFLP图谱。根据RFLP图谱得到细菌种群多样性数据，采用a和β多样性测度统计分析不同处理土壤细菌多样性指数。采用Hha Ⅰ，将S3和S4中突出的优势细菌群落16SrDNA再次酶切。选取仍然呈优势的克隆子测定序列。将测序结果提交NCBI经BLAST比对，得到同源序列及种属信息。采用ClustalX和Mega3.1构建系统发育树，分析优势细菌种群间的遗传关系。得出以下主要结论：
1.不同处理土壤分别得到123(S1)、120(S2)、97(S3)、69(S4)个酶切类型，单克隆在不同处理中的比例分别为45.08％、44.98％、34.67％、23.40％。优势细菌数目分别为7、5、11、11个，特别是S4中出现了两种比例大于10％的OTU类型。
2.不同处理土壤的细菌多样性指数：Shannon—Wiener指数(H)分别为4.616，4.588，4.091和3.589；Gini指数分别为0.9873，0.9868，0.9708和0.9492；丰富度(dMa)分别为23.18，22.61，12.98和8.13；各处理的多样性指数变化趋势均为S1>S2>S3>S4。基于细菌多样性指数对土壤类型的聚类结果表现为S1和S2归为一类并且趋于一致；S3、S4土壤归为另一类，但相互之间存在一定差异。
3.S3与S4中的优势形菌群落体现出了遗传相似性。与S3、S4中优势细菌同源性较高的种属主要有不动杆菌、荧光假单胞菌、γ-变形菌、内生菌和肠杆菌。这些细菌均属于变性菌门，是广泛存在于土壤中的厌氧细菌，且具有铬铁还原能力。