水稻耐盐性的全基因组关联分析

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水稻是当今世界上的主要粮食作物,而盐害是限制全球农业生产和发展的重要的非生物逆境之一。研究水稻的耐盐性遗传机制,鉴定耐盐基因或QTL,可以为水稻的耐盐育种提供理论依据,便于培育出优异的耐盐水稻品种。本研究以708份来自世界各地的种质作为自然群体,考察苗期和大田全生育的15个耐盐农艺性状,并与404K的SNP基因型进行关联分析,得到以下结果:1、芽期、苗期与成熟期的各表型性状相关性不显著。苗期的存活天数与盐害等级和死苗率性状存在较强的协同变化趋势,大田生育期中每穗重量与每穗实粒数、每穗瘪粒数和结实率存在较强的协同变化趋势,可以作为耐盐评估的表型鉴定指标。2自然群体的遗传多样性程度较高,群体材料间存在一定的亲缘关系,同时群体可以分为2个亚群,群体的LD水平符合关联分析条件,LD的衰减距离大约为196kb。3在苗期、大田生育期分别检测到了个与水稻耐盐性相关的270、483个显著关联的SNP位点,并且发现各时期的耐盐相关位点分别为41、65个,其中分别有23、54个位点同时在前人的耐盐性位点中检测到,是可靠的耐盐性位点。4在鉴定的耐盐位点中,苗期有7对性状发生性状位点重叠;大田生育期有26对性状发生重叠;各时期重叠或者相邻的耐盐位点仅有8个。总体而言,大部分水稻耐盐性在同一生育期、不同生育期是相互独立的。5鉴定出优异的水稻耐盐品种57份,共定位耐盐位点106个,其中87个与前人定位的耐盐基因重叠,两个环境都有定位到的一共有15个,各时期重叠或者相邻的耐盐位点有8个。本研究结果可以为克隆新的控制耐盐性基因和分子标记辅助选择培育优异耐盐水稻品种提供了依据。
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