【摘 要】
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该文通过对蛋白质三维结构数据库PDB中冗余记录的分析,提出一种将蛋白质残基运动转化成空间散点的分布形态,从而对蛋白质构象变化进行研究的方法,并利用该方法对甲硫氨酸氨基
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该文通过对蛋白质三维结构数据库PDB中冗余记录的分析,提出一种将蛋白质残基运动转化成空间散点的分布形态,从而对蛋白质构象变化进行研究的方法,并利用该方法对甲硫氨酸氨基肽酶-2的构象变化进行了研究.从PDB数据库中选取10个冗余蛋白质家族,每个家族含10个记录.对每一家族,分别用主链α-碳（C<,α>）和侧链功能原子的原子坐标代表残基的空间位置,将每个残基的运动转化为10个空间散点的分布形态.利用主成分分析方法对残基运动维数的研究表明,残基运动主要为一维和二维.对比运动幅度与二级结构信息,发现残基运动与其所属的二级结构单元具有一定的关联.定义了残基的折叠半径,发现酶的催化部位一般存在于运动幅度和折叠半径的“双极小值”处,利用该发现可对酶的催化部位进行预测.对结合部位和催化部位残基运动幅度的分析表明,催化部位的残基处于相对静止的状态,结合部位残基的运动幅度可能出现在极大值、极小值和中间值处.据此,认为酶的活性中心是刚性与柔性的统一体,催化部位具有相对的刚性,结合部位具有相对的柔性.利用提出的方法对甲硫氨酸氨基肽酶-2的构象变化进行了研究,并对该酶抑制剂的计算机辅助设计进行了初步探讨.利用三维结构数据库搜寻的方法对NCI数据库进行了搜索,得到了4种命中结构,为后续实验工作打下了基础.
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