SRSF1通过介导PTPMT1的选择性剪接调控非小细胞肺癌放射抵抗的分子机制研究及预后生存分析

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肺癌是最常见的恶性肿瘤,严重威胁着人类的健康,在全球范围内肺癌约占全部恶性肿瘤新发病例的17%,在肿瘤相关死亡患者中约占23%,其发病率和死亡率呈逐年升高趋势并高居恶性肿瘤之首。目前肺癌晚期患者5年生存率不足10%,因此如何提高肺癌患者远期生存率是肿瘤临床和机制研究的热点。  肿瘤细胞的发生发展,归根结底源于细胞基因表达的失调,尤其是与凋亡及增殖相关的基因表达失调有关。RNA剪接是在真核细胞中,遗传信息从DNA形成mRNA的过程中,除去内含子,连接外显子,形成具有连续编码功能的mRNA分子的过程,最终可以形成两种及以上的外显子组合亚型。RNA剪接是调控基因表达和形成蛋白质组多样性的重要机制,mRNA前体的剪接过程是大多数基因表达最为关键的一步。在剪接过程中由于各种原因导致剪接不能正常进行,而异常剪接通常与肿瘤的发生发展密切相关。SRSF1是剪接因子家族中的代表性成员之一,主要生理功能包括mRNA运输与加工,RNA前体剪接,细胞周期和凋亡调控等。但SRSF1在肺癌中的作用机制尚不明确。  前期的研究工作中,我们发现与细胞凋亡相关的蛋白Anxa5在肺癌中低表达。而高表达Anxa5后可抑制肺癌细胞增殖、迁移和侵袭,并可影响EMT过程中关键蛋白的表达。通过二甲基稳定同位素标记及质谱联用法对高表达Anxa5细胞株和空载细胞株的蛋白表达谱进行差异分析,发现SRSF1在两株细胞中表达有差异,并利用western blotting进行了验证。那么,SRSF1在肺癌中发挥什么作用呢?是否也和凋亡有关呢?在肺癌细胞迁移和侵袭中是否也发挥作用呢?其作用机制是什么呢?为此我们进行了相关研究。  目的:  1、检测SRSF1的表达水平对肺癌细胞放射损伤的影响,以明确SRSF1与肺癌细胞放射敏感性的关系。  2、利用RNA-seq技术分析放疗后肺癌细胞中与SRSF1基因相关的剪接事件的变化,为进一步研究奠定基础。  3、探讨SRSF1参与肺癌放疗后DNA损伤及修复的分子机制研究,以期为今后肺癌的治疗提供新的方向和新的靶点。  方法:  1、生物信息学分析:  (1)在CNKI基因数据库中筛选出与放疗敏感性相关的基因,选取FPKM值>3的基因;发现与Anxa5相关的SRSF1蛋白与放疗敏感性最为相关。  (2)利用Western blot在细胞中验证放疗后SRSF1蛋白的变化。  2、稳定沉默SRSF1肺癌细胞株的建立及相关表型研究:  (1)质粒构建:选取pLKO.1、SRSF1-siRNA1、SRSF1-siRNA2三种种质粒用慢病毒包装后进行转染,筛选出稳定沉默目的基因的肺癌细胞株。  (2)细胞株验证:利用Western blot和q-PCR技术验证SRSF1基因的表达。  (3)表型检测:利用平板克隆实验、CCK-8细胞生长实验、细胞凋亡实验检测SRSF1低表达的肺癌细胞在放疗后的恶性生物学行为变化。  (4)放疗后DNA损伤验证:利用免疫荧光技术检测放疗后γ-H2AX、p-Chk2在细胞内定位及表达量的变化,利用彗星拖尾实验检测放疗后细胞内DNA损伤,利用Western blot技术检测细胞内γ-H2AX、p-Chk2在蛋白水平的变化。  3、全基因组RNA测序:  (1)将放疗后SRSF1敲降的肺癌细胞提取RNA并行全基因组测序。  (2)验证生物信息学准确性:利用GO分析和STRING分析筛选出与SRSF1相关的基因,利用RT-PCR技术验证。  (3)验证剪接事件的准确性:利用GO分析和STRING分析筛选出与SRSF1相关的剪接基因,利用PT-PCR技术验证剪接事件。  结果:  1、SRSF1基因对肺癌细胞放射损伤的影响  (1)生物信息学分析结果表明:与放疗敏感性相关的基因(FPKM值>3)共有30个,SRSF1基因的表达与放疗敏感性最为相关,Western blot结果表明,SRSF1基因在放疗后蛋白表达量明显增高。  (2)表型实验表明:沉默SRSF1基因组的肺癌细胞比对照组细胞形成克隆形成数目减少、细胞生长缓慢,放疗后沉默SRSF1发肺癌细胞的克隆形成数目、细胞生长速度比对照组细胞进一步减少。细胞凋亡实验表明:放疗后SRSF1敲降组细胞凋亡比例明显多于未放疗组细胞。  (3)DNA损伤实验检测结果:免疫荧光实验结果表明:放疗2h后γ-H2AX在SRSF1敲降组的表达量明显高于对照组。彗星拖尾实验显示放疗0.5h后,SRSF1敲降组细胞的拖尾长度明显长于对照组。Western Blot结果表明,放疗后γ-H2AX在SRSF1敲降组的表达量比对照组明显增加。  2、分析肺癌细胞中SRSF1基因引起放疗后剪接事件的变化  (1)放疗后生物信息学分析:敲降SRSF1的肺癌细胞放疗后提取RNA进行全RNA测序,利用GO分析筛选出与SRSF1相关的基因,发现这些基因分别参与了细胞周期调控、细胞粘附、代谢过程、磷酸化、转录、基因表达等功能,STRING分析表明这些参与剪接事件的基因主要参与细胞黏附及线粒体内ATP的合成,参与细胞黏附的剪接因子有PTPMT1、PPLP1、RPS3A、RPLP2、MYL6等,。  (2)剪接验证:根据GO分析及STRING分析分别随机选取6个基因,RT-PCR验证结果表明其表达量改变与生物信息学分析结果一致。  3、SRSF1参与肺癌放疗后DNA损伤及修复的分子机制研究  (1)SRSF1表达水平对PTPMT1剪接体变化的影响:SRSF1敲降后PTPMT1A的剪接体减少而PTPMT1B的剪接本增多,当SRSF1过表达后PTPMT1A的剪接体增多而PTPMT1B的剪接本减少。  (2)PTPMT1长短剪接体变化对细胞表型影响:过表达PTPMT1B,分别用0Gy、2Gy、4Gy、6Gy的射线照射,过表达PTPMT1B的肺癌细胞形成克隆数目减少、细胞生长减慢,放疗后过表达PTPMT1B的肺癌细胞生长最慢。  (3)PTPMT1短剪接体变化对细胞核内DNA影响:免疫荧光实验检表明过表达PTPMT1B的肺癌细胞在放疗后2h,细胞核内γ-H2AX表达比对照组增加。Western blot实验表明,在蛋白水平过表达PTPMT1B的肺癌细胞在放疗后γ-H2AX和p-Chk2表达增高。彗星拖尾实验进一步表明过表达PTPMT1B的肺癌细胞在放疗0.5h和4h时细胞拖尾现象明显长于对照组。  (4)PTPMT1长剪接体变化对细胞表型影响:在Ctl sh1+Ctl、SRSF1sh1+Ctl、SRSF1sh1+PTPMT1A三种细胞株中,平板克隆形成实验表明在不同剂量的射线(0Gy、2Gy、4Gy)照射后,SRSF1sh1+PTPMT1A组细胞形成克隆数目均比SRSF1sh1+Ctl及Ctl sh1+Ctl增多。免疫荧光实验表明,γ-H2AX在Ctl sh1+Ctl和SRSF1sh1+PTPMT1A组细胞内的表达量均比SRSF1sh1+Ctl减少,表明SRSF1敲降后再过表达PTPMT1A可以减少细胞核内DNA损伤。Western blot实验表明,γ-H2AX蛋白在Ctl sh1+Ctl和SRSF1sh1+PTPMT1A组细胞内的表达量均比SRSF1sh1+Ctl减少。  (5)SRSF1参与肺癌放疗后DNA损伤及修复的分子机制:Western blot实验表明,对照组Ctl sh1及SRSF1sh1肺癌细胞在放疗0h、1h、6h、12h、24h,p-MAPK蛋白在对照组Ctlsh1放疗后随着时间的延长,其蛋白表达量呈现减少趋势,在24h时含量明显少于SRSF1sh1组,SRSF1sh1组放疗后p-MAPK蛋白减少趋势明显延迟。同样Western blot结果表明,PTPMT1B过表达后p21和p27蛋白表达量增加,p-MAPK和mTOR蛋白无明显变化,而当PTPMT1B过表达的肺癌细胞放疗后p-MAPK蛋白表达含量明显增加,p21和p27蛋白表达量也相应增加,但mTOR蛋白减少。  结论:  1、SRSF1基因表达下调可以增加肺癌细胞的放射损伤,使DNA双链断裂增加。  2、SRSF1可以影响肺癌放疗敏感性,有望成为肺癌患者评价放疗疗效及预后的指标之一。  3、SRSF1基因很可能通过选择性剪接事件参与肺癌细胞的放疗抵抗。  4、SRSF1介导PTPMT1(PTPMT1A促癌剪接本和PTPMT1B抑癌剪接本)的选择性剪接来影响肺癌细胞的放疗抵抗是通过抑制AMPK/mTOR信号通路来实现的。  5、研究SRSF1抑制剂或者PTPMT1A抑制剂将有利于找到肺癌放射敏感性相关的药物作用靶点,有望为肺癌的治疗提供实验依据和理论基础。
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