以RNA为引物的等位基因特异性PCR

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本文基于等位基因特异性的RNA引物和两种嗜热DNA聚合酶建立了一种新型等位基因检测方法,该方法根据待检测基因的突变位点设计RNA正向引物,通过PCR指数扩增待检测序列,最终建立了一种简便、快捷、廉价的等位基因检测方法。具体说来,这一检测方法的主要特点表现在以下几个方面:  1.PCR体系引入RNA正向引物。利用Vent(exo-)DNA聚合酶可以延伸RNA引物的特性及TaqM1 DNA聚合酶的逆转录活性,创新性地引入这两种嗜热DNA聚合酶到PCR体系中完成了以RNA为引物的PCR扩增过程。  2.将以RNA为引物的PCR和等位基因特异性PCR结合起来检测等位基因。根据突变位点设计RNA引物末端碱基,这样,RNA引物3末端就会与正常模板完全配对,与突变模板错配,从而使正常模板大量扩增,通过琼脂糖凝胶电泳很容易观察到扩增条带,而突变模板不能扩增没有扩增条带。  3.该方法设计简便且具有很强的特异性。以DNA为引物时,3末端的一个错配碱基无法阻止突变模板的扩增,无论是正常模板还是突变模板都能得到大量扩增产物,就需要在DNA引物3末端几个位点多设计一个突变碱基以抑制突变模板的扩增,但这种情况下正常模板也往往不能扩增因此产生假阴性,需要大量引物末端几位碱基设计及PCR条件摸索;而以RNA为引物时,只需3端末位一个碱基的设计能很好的区分正常模板和突变模板。  4.该检测方案具有一定的实用性。该方法运用可体外转录大量得到的RNA引物,一定程度上降低了成本。体系中引入的两种酶不需要Mn2+等的催化,扩大了生物学上的应用范围。  综上所述,本文利用等位特异性的RNA引物进行PCR完成了对模板突变位点的检测,实现了一种设计简便、专一性好、快捷、廉价的等位基因检测方法。  
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