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选用5对微卫星引物，对四川7个地方山羊品种—简阳大耳羊(n=30)、建昌黑山羊(n=23)、成都麻羊(n=20)、藏山羊(n=27)、金堂黑山羊(n=21)、乐至黑山羊(n=24)和北川白山羊(n=26)及1个培育品种—南江黄羊(n=90)的基因组DNA进行PCR扩增，并进行电泳分析。用Cervus分析了微卫星位点的观察杂合度、期望杂合度、多态信息含量、等位基因频率、有效等位基因数；用SAS6.12软件中GLM程序来分析南江黄羊微卫星与其早期生长性状的关系；用POPGENE分析7个四川地方山羊品种的遗传多样性，并以Nei’s遗传距离为基础构建系统发生树。结果表明：1．本次试验所选用的5个微卫星标记中，ILSTS004、ILSTS030、McM038和OarFCB011在8个山羊群体中都呈现一定的多态性，但CSSM04位点在成都麻羊、乐至黑山羊和建昌黑山羊群体中不表现多态性。5个微卫星标记检测到的等位基因数从3个到7个不等，而群体的平均多态信息含量都大于0.5(0.594～0.696)。四川7个地方山羊品种群体间的遗传分化系数为0.1167，表明有88.33％的变异来源于群体内部，群体的遗传多样性较丰富。2．用POPGENE对7个地方山羊群体进行分析表明，群体问平均基因流(Nm)为2.0078；藏山羊与金堂黑山羊群体间遗传距离最小，乐至黑山羊和简阳大耳羊群体间遗传距离最大。以Nei’s遗传距离为基础构建的系统发生树表明，藏山羊和金堂黑山羊、成都麻羊、北川白山羊聚为一类，乐至黑山羊和建昌黑山羊聚为一类，而简阳大耳羊自成一类。3．南江黄羊的生长性状与5个SSRs的相关性分析结果表明，位点OarFCB011、ILSTS030和McM038的某些等位基因显著或极显著影响南江黄羊早期的生长发育性状。2月龄时，ILSTS030位点的基因型CE对体长性状有显著的正效应(P＜0.05)。6月龄时，位点McM038的基因型EE和AF对体重性状有显著影响，基因型AF对体高性状有显著影响，而基因型AF和EE对体长性状有显著影响，基因型EE对胸围性状有显著影响(P＜0.05)。周岁阶段，位点McM038的BC基因型对体重有极显著的影响(P＜0.01)，AA、CC基因型对体重性状有显著影响(P＜0.05)；在位点ILSTS030中，基因型CE对体重、体高性状都有显著影响(P＜0.05)，基因型CE对体长性状有极显著影响(P＜0.01)；在OarFCB011中，基因型DD对体重性状有显著影响(P＜0.05)，基因型DD对体高性状有显著影响(P＜0.05)。综上所述，位点OarFCB011、ILSTS030和McM038可以用于南江黄羊MAS和QTL定位等相关方面的进一步研究。