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本文采用分离培养方法对内蒙古河套灌区天然湿地和退化湿地的芦苇根际细菌多样性进行了分析，采用变性梯度凝胶电泳（DGGE）技术对内蒙古河套灌区人工湿地所种植的芦苇和香蒲两种植物的根际氨氧化细菌（AOB）和氨氧化古菌（AOA）多样性及动态变化进行了研究。利用R2A培养基，采用分离培养法从天然湿地和退化湿地的芦苇根际一共分离出99株可培养细菌。16S rRNA基因系统发育分析的结果显示，分离自天然湿地芦苇根际的45株细菌分属于变形菌门（44.44%）、厚壁菌门（42.22%）和放线菌门（13.33%）3大类群，其中，变形菌门为最优势类群，芽孢杆菌属（42.2%）为最优势菌属；分离自退化湿地芦苇根际的44株细菌分属变形菌门（20.45%）、厚壁菌门（47.73%）及放线菌门（31.82%）3大类群，其中厚壁菌门为最优势类群，芽孢杆菌属（40.9%）为最优势菌属。研究结果表明，天然湿地和退化湿地芦苇根际细菌都具有较丰富的物种多样性，但天然湿地与退化湿地芦苇根际细菌群落结构存在一定差异。通过DGGE技术对人工湿地芦苇和香蒲两种植物的根际AOB的amoA基因的多样性进行了分析。DGGE图谱中的主要条带的序列分析结果显示，芦苇和香蒲根际土壤样品中AOB群落大多数为未培养细菌，变形菌门β-变形菌纲为优势类群，且这些AOB与亚硝化单胞菌属和亚硝化螺菌属的AOB同源性相近。DGGE图谱遗传多样性分析结果显示，内蒙古河套灌区人工湿地植物根际土壤的AOB群落多样性因不同的植被类型、不同取样时间和土壤基质的不同存在一定差异。方差分析显示植被类型对AOB的多样性指数影响极显著；不同取样时间对AOB的多样性指数影响显著；不同土壤基质对AOB的多样性指数影响不显著，这可能是由于尽管构成人工湿地的土壤基质不同，但根系周围的土壤理化特性相似，从而导致不同样地在同一时间相同植物的根际氨氧化细菌群落多样性差别不大。通过DGGE技术对人工湿地芦苇和香蒲两种植物的根际AOA的amoA基因的多样性进行了分析。DGGE图谱中的主要条带的序列分析结果显示，芦苇和香蒲根际土壤样品中AOA群落都属于泉古菌门，大多数为未培养古菌，大部分测序菌种与土壤中已经研究发表的AOA同源性相近，个别的菌种属于水环境和海洋底泥中的AOA类群。DGGE图谱遗传多样性分析结果显示，不同的因素对内蒙古河套灌区人工湿地根际土壤的AOA群落多样性的影响差异与AOB分析结果一致，主要受植被类型的影响。