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猪繁殖与呼吸综合征(porcine reproductive and respiratory syndrome，PRRS)是由猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus，PRRSV)引起的一种以母猪繁殖障碍和仔猪呼吸道疾病为特征的传染病。在PRRSV的全基因组中，Nsp2基因和ORF5基因变异最大，对这两个基因变异的分析在一定程度上能够反映PRRSV整个基因组变异的情况。本研究即通过对广东省不同PRRSV毒株Nsp2基因和ORF5基因的测定和比较，分析广东省流行毒株的遗传变异，进而了解广东省PRRSV流行毒株的分子流行病学规律，为PRRS的防制提供必要的分子流行病学基础。
采用RT-PCR方法扩增PRRSV的Nsp2基因和ORF5基因，得到13份PRRSV Nsp2基因的部分序列片段和14份PRRSV ORF5基因片段，并进行了序列测定和分析，发现13个Nsp2基因序列的长度均为457bp，均有两个区域存在明显缺失；14个ORF5基因序列长度均为603bp，不存在缺失现象。
序列分析表明所获得的13个Nsp2基因核苷酸同源性为96.9～99.1％，与CH-1a、VR-2332、MLV、LV的核苷酸同源性分别为83.6～86.4％、67.2～69.4％，、66.8～68.9％、21.9～23.2％；14个ORF5基因核苷酸同源性为98.8～99.7％，与CH-1a、VR-2332、MLV、LV的核苷酸同源性分别为94.4～95.2％、86.7～87.9％、86.4～87.6％、54.1～55.7％。ORF7基因14个序列之间核苷酸同源性为98.7～99.7％，与CH-1a、VR-2332、MLV、LV的核苷酸序列同源性分别为94.9～96.2％、93～94.6％、93～94.6％、58.1～58.6％，表明所获得的毒株均属于美洲型。参考国内外已经发表的Nsp2基因和ORF5基因序列，采用分子生物学软件DNAStar绘制了PRRSV的遗传发育演化关系图。根据ORF5基因序列遗传演化分析结果表明美洲型PRRSV可分为4个亚群，我国目前流行的PRRSV毒株属于其中的3个亚群：以BJ-4为代表的毒株属于亚群Ⅰ；以CH-1a，HB-1和HB-2株为代表的毒株属于亚群Ⅱ；以BJ-13为代表的毒株属于亚群Ⅳ。
对广东省部分规模化猪场疑似PRRS感染猪的病料或血清进行PRRSV的分离，从中分离到1株猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)野毒株，并进行了初步鉴定。结果表明分离株能在Marc-145细胞上增殖并产生相应的细胞病变，用针对PRRSV GP7的引物对细胞培养物进行RT-PCR扩增，检测结果阳性，将分离株命名为PRRSVGD株。本研究通过RT-PCR方法扩增猪繁殖与呼吸综合症病毒(PRRSV)GD株的E蛋白基因，克隆至穿梭质粒pShuttle-CMV vector中，构建了腺病毒重组表达载体，经过抗性筛选、PCR扩增、单酶切等方法对其进行了鉴定，确定得到了含有目的基因的阳性克隆，成功构建了腺病毒表达载体pAd-E。本研究为PRRSV结构蛋白功能及其基因工程疫苗研究奠定了基础。