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本试验根据GenBank上已发表的绵羊(EU185099)Agouti基因序列进行设计引物,扩增山羊Agouti基因3’UTR区,测序结果表明该片断的长度为190bp。对山羊Agouti基因内含子3测序分析发现四个g.A4756C、g.C4971T、g.A5344G和g.AGG5124-5125变异位点,并对这四个变异位点进行分析。研究发现这4个突变位点共有6种单倍型,分别为ACAA(71.31%)、ATBG(13.11%)、CTBG(7.38%)、ATAA(4.92%)、ATAG(1.64%)、CTAG(0.82%)。在济宁青山羊(青灰色)、辽宁绒山羊(白色)、雷州黑山羊(黑色)山羊中单倍型几乎都为ACAA,但是在南江黄羊快长系(棕褐色)山羊中有不同的单倍型。因此,推测这些突变位点可能在山羊毛色形成过程中发挥一定作用。在山羊Agouti基因内含子3上g.A4756C位点发现了两个等位基因A和C,青灰色(济宁青山羊)、白色(辽宁绒山羊)和黑色(雷州黑山羊)为主的山羊品种中有较高频率的等位基因A。棕色山羊(南江黄羊快长系)A等位基因的频率为54.69%,其三种基因型分布比较平均。分析表明g.A4756C的C等位基因可能与控制山羊棕色表型的位点存在连锁关系,CC基因型为与棕色被毛相关的基因型。在山羊Agouti基因内含子区g.C4971T位点也发现了两个等位基因C和T,济宁青山羊(JN)中C等位基因的频率为98.33%;雷州黑山羊(LH)C等位基因的频率为93.33%,辽宁绒山羊(LR)中C等位基因的频率为100.00%,南江黄羊快长系(NK)中T等位基因的频率为100.00%,全部为TT基因型。分析表明g.C4971T的T等位基因可能与控制山羊棕色表型的位点存在连锁关系,TT基因型为与棕色被毛相关的基因型。在山羊Agouti基因内含子3上g.A5344G位点发现了两个等位基因A和G,其中A等位基因在济宁青山羊、雷州黑山羊和辽宁绒山羊中占优势,等位基因频率分别为:100.00%、96.67%、100.00%,但从基因型上看,济宁青山羊和辽宁绒山羊中全部为AA基因型,雷州黑山羊中AA基因型占绝对优势,只有南江黄羊快长系中有GG基因型并且占绝对优势。分析表明g.A5344G的G等位基因可能与控制山羊棕色表型的位点存在连锁关系,GG基因型为与棕色被毛相关的基因型。在山羊Agouti基因内含子3中g.AGG5124-5125插入位点发现了两个等位基因A(非插入AGG碱基)和B(插入AGG碱基)。其中A等位基因在济宁青山羊、雷州黑山羊和辽宁绒山羊中占优势,等位基因频率分别为:98.33%、90.00%、96.67%,但从基因型上看,济宁青山羊和辽宁绒山羊中全部为AA和AB基因型,雷州黑山羊中三种基因型都有,在这三个山羊品种中AA基因型占绝对优势,在南江黄羊快长系中BB(71.87%)基因型占绝对优势。由此我们推测g.AGG5124-5125插入位点的B等位基因可能与控制山羊棕色表型的位点存在连锁关系,BB基因型为与棕色被毛相关的基因型。经单倍型分析,发现ACAA(71.31%)、ATBG(13.11%)、CTBG(7.38%)、ATAA(4.92%)、ATAG(1.64%)、CTAG(0.82%)六种单倍型。在济宁青山羊(青灰色系)和辽宁绒山羊(白色系)两个品种中,几乎所有个体的单倍型为ACAA,CTBG的单倍型占少数,但是在雷州黑山羊(黑色系)和南江黄羊快长系(棕色系)的品种中有不同的单倍型,推测CTBG的单倍型可能与棕色表型相关。聚类结果表明4个地方山羊品种分为两类,第一类为具有棕色毛色表型位基因的南江黄羊快长系,第二类为具有黑色、灰色以及白色等位基因的济宁青山羊、辽宁绒山羊和雷州黑山羊。经过和毛色相关分析表明,在这4个地方山羊品种中,A4756C、g.C4971T、g.A5344G和g.AGG5124-5125这四个位点的突变和山羊的毛色有显著性的相关。本试验的聚类结果反映了4个不同地方山羊品种在Agouti基因A4756C、g.C4971T、g.A5344G和g.AGG5124-5125的群体间的遗传关系。