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我国目前农民专业合作社的发展尚处在规范发展的初级阶段，其内部的治理结构与治理机制与国外处于成熟阶段的农业合作社仍有明显差距。我国的农民专业合作社治理结构与治理机制不完善是一个普遍存在的问题，并影响了合作社的活力、凝聚力和市场竞争力，制约了其职能的发挥。
本文在对合作社治理机制与交易成本关系研究进行文献综述的基础上，采用逻辑演绎方法描述了两者的关系。并对宜昌市某柑橘专业合作社进行调研，初步建构一个关于农民专业合作社治理的理论模型，将治理机制分解为经营管理机制、决策机制、内部监督机制、激励机制、利益分享机制和产权制度六个指标，通过比较静态分析法评价模型中农民专业合作社治理机制指标与其交易成本的关系，通过案例分析法分析该合作社的发展概况，探索合作社仍需改进的治理机制。最后通过归纳分析美国新奇士橘农协会的发展、治理机制以及给我国建设优秀农民专业合作社治理机制的启示。
本文的创新之处有以下几点:(1)本文从会计学的角度对交易成本进行科学合理的测量，在已有文献的基础上进行了完善和突破，提出对企业交易成本计量采用货币与非货币计量、绝对额与相对数计量相结合的计量方法。(2)参考其他文献，本文在设置农民专业合作社内部治理机制指标的问题上，加入了“员工工资形式”和“合作社是否为社员提供知识技术方面的培训”两个新的指标，反应合作社对员工和社员的激励机制。(3)本文在交易成本应用研究的基础上，从交易效率的角度分析农民专业合作社治理机制有效性问题，探索了合作社治理机制指标变量与交易效率的关系，为合作社治理问题研究提供了新的视角。
本研究希望通过研究我国农民专业合作社治理存在的问题和深层原因，来探索农民专业合作社治理结构创新方向，寻求治理机制完善的思路，为我国农民专业合作社的规范发展提供理论指导。