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雌激素受体α(ERα)作为核受体(NR)超家族的一员，参与着多种生理过程的调节，与人体健康和疾病之间有着密不可分的联系。由其介导的信号通路是环境污染物内分泌干扰效应的一个重要途径。在乳腺癌中，ERα因其显著的超活化和过表达，导致癌细胞的增殖与发展，被作为重要的抗癌药物作用靶点受到广泛关注。未激活时，雌激素受体结合伴侣蛋白呈现休眠状态。随着内源性激素进入其配体结合域(LBD)，使之从伴侣蛋白中解离，迅速形成二聚体。同时，其LBD中的螺旋H12构象发生改变，暴露表面的AF-2位点利于随后的共激活辅因子的招募。而后雌激素受体通过其DNA结合域(DBD)识别特定的基因片段雌激素响应元件（ERE），进而激活靶基因。遗憾的是，现阶段污染物经ERα介导内分泌干扰效应机制的计算研究多集中于配体结合这一步，忽略了污染物结合所致受体构象调整所致辅因子招募等环节的功能异常对于最终健康结局的干扰，低估了污染-受体作用微环境条件的差异所致受体关键残基质子化状态变化对整个转录激活过程的影响。基于此，本论文综合运用量子化学、分子对接、分子动力学和相关性网络分析等多种计算与分析技术，建立发展了能够对污染物结合所致ERα变构引发的后续生物学关键环节的评价方法，针对配体结合、共激活因子招募以及特定DNA序列识别等ERα介导信号通路中关键环节的分子机制进行模拟研究，以期揭示与人体健康密切相关的环境污染物内分泌干扰效应的分子机制，为保障环境安全和人体健康提供理论基础和方法支持。 论文首先针对一类典型的小体积环境拟/抗雌激素BPA及其类似物BPAF和BPC开展其ERα介导信号通路关键环节分子机制的计算研究。分析实验报道的该类物质与ERα的共结晶结构，发现拟雌激素BPA和抗雌激素BPC拥有截然不同的ERα结合模式，而BPAF则是在受体二聚体的2个单体中分别以这两种结合姿态存在。因此，本研究已知的复合物晶体结构为基础，通过量子化学方法计算环境污染物周围氨基酸对复合物稳定性的的能量贡献，发现His524的能量贡献减弱是BPA和BPAF与ERα激动构型结合亲和力降低的主导原因。而Thr347作为BPC识别中能量贡献与其他激动剂分子差异最明显的氨基酸，被推测在识别BPC等小尺寸拮抗剂中起到不可忽视的作用。为证实这一科学猜测，随后构建了一系列Thr347不同侧链二面角的复合物模型，进行了长时间的分子动力学模拟，结合MM-GBSA结合自由能计算证实与激动构型ERα错配的BPC能通过诱导契合使Thr347的侧链二面角发生反转，从而与其酚羟基形成强的氢键作用。对PDB中已有ERα复合物晶体结构进行统计亦证实Thr347侧链二面角数值在结合激动剂和拮抗剂时存在显著差异。配体-蛋白-辅因子三元复合物分子动力学模拟证实BPC与典型拮抗剂OHT均能通过结合ERα间接地改变其AF-2表面的构象，进而干扰随后的共激活辅因子招募，最终导致三元复合物的整体稳定性下降，结合亲和力减弱。同时，内在网络分析明确指出Thr347在BPC与ERα相互识别中采取的构象会削弱了H3和H12以及辅因子之间的相关性连接，不利于共激活辅因子招募。基于计算获得的ERα小体积拮抗剂干扰转录活化过程的结构基础，本研究在BPC结构基础上设计了与ERα亲和力更强的抗雌激素，为乳腺癌药物的设计提供了新思路。 ERα与小分子、伴侣蛋白、辅因子乃至ERE作用时，若其关键残基质子化状态发生变化，必然会影响这种分子间的相互识别和结合模式及强度。在ERα配体结合口袋和DNA结合域中就存在着在生理pH条件下质子化状态会发生变化的残基，其在与具有氢键给受体或者可解离基团分子相互作用时，会因所处微环境的不同采取不同的质子化状态而导致不同的分子间作用模式。本研究首先以酸性极高的全氟烷酸类化合物(PFAAs)作为在生理状态以负离子而非分子形态存在的ERα配体为研究对象，解析His524质子化状态对PFAAs的ERα结合姿态和受体亲和性的影响机制。PFAAs不同于已知的ERα激动剂/拮抗剂，其结构中既没有苯环，也没有羟基基团，但仍表现出一定的ERα结合亲和力以及拟雌激素效应。针对该类具有直链结构的离子型有机化合物，我们通过基于多个蛋白结构的集合对接的模拟策略，预测了这类生理条件下完全电离的污染物与ERα的结合能力，发现中等碳链长度的PFOA、PFOS、PFDA和PFNA与ERα亲和力排在前列，这与实验检测的转录活化能力结果相符合，暗示结合能力越强的化合物其诱导产生的雌激素效应也越强。进一步分析PFOA和PFOS的结合模式发现，位于结合口袋内的关键残基His524的质子化状态会显著影响其结合姿态。设置不同的His524质子化形态，PFOA和PFOS中极性羧酸或者磺酸基团会出现朝向口袋底部Arg394或者口袋入口His524的两种不同结合指向。这驱使我们对不同的结合模式进行分子动力学模拟和结合自由能计算，评价PFOA/PFOS-ERα复合物在水环境中的动态结合过程。结果显示PFOA和PFOS羧酸或者磺酸基团朝向口袋起始处带正电的His524的结合模式更稳定，而极性端朝向口袋底部的Arg394的结合模式则降低了激动构型复合物的稳定性。随后的MM-PBSA结合自由能计算指出前一姿态结合亲和力强于后者是因为完全质子化的His524能通过其带正电荷的咪唑侧链与PFOA和PFOS的极性端形成稳定的氢键相互作用，提供有利的静电相互作用贡献，从而稳定配体在口袋内的构象。而未质子化的His524则不能作为好的氢键供体，PFOA和PFOS因此翻转其姿态，调整其极性基团指向，进而与底部的Arg394形成稳定性较弱的氢键。以上结果证实体内酸碱和静电相互作用微环境影响关键识别位点His524的质子化形态，调控PFOA和PFOS在ERα的配体结合口袋内的结合姿态，从而影响其转录激活的强度。 实验报道ERα的DBD识别保守DNA片段cERE的能力受His196和Glu203质子化状态的影响，但其分子机制和生物学意义尚不完全清晰。本研究依次构建了不同质子化状态的DBD-cERE复合物，对其构象稳定性进行了分子动力学模拟评价。结构分析和结合自由能计算证实中性且氢原子位于ε位的His196和带负电的Glu203存在于高pH环境，而带正电的His196和中性的Glu203存在于低pH环境下。DBD与cERE表面接触的关键残基的能量贡献暗示完全质子化且带正电的His196和Glu203增强了其与碱基DC34和DA3的特异与非特异识别，同时可间接控制Arg211对于碱基DT31和DG32的识别。进一步构建代表性的乳腺癌雌激素调节基因pS2识别ERα的特异性序列，通过分子动力学探查了pH对DBD与pS2相互识别调控机制。结果指出pS2在低pH下不仅具有与cERE相同的对于DBD上His196、Glu203和Arg211识别增强位点，还因其特定序列的改变增强了对于Tyr197和Gln238的识别能力。以上研究对于深度了解依赖ERα转录活化的乳腺癌细胞增殖有所裨益。