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旱稻是栽培稻(OryzasativaL.)适应干旱环境的变种，对栽培稻的种质改良有重要的意义。云南省有丰富的旱稻的种质资源，且集中分布在亚热带、热带的山区。本研究采用微卫星间隔(inter-simplesequencerepeats，ISSR)分子标记，对采集自云南西双版纳州的三个少数民族村寨的31个旱稻品种进行了遗传多样性分析。本实验对旱稻ISSR反应条件进行了优化。从自己设计的22个引物中甄选出适于旱稻的8个ISSR引物。结果表明，二核苷酸重复的微卫星要比其他较大重复的微卫星(三核苷酸重复及四核苷酸重复)更适于进行旱稻微卫星标记分析。其中，GA/CT重复又比GT/CA重复能获得更好的结果。利用所筛选的8个引物对31个样品进行的ISSRPCR共扩增出60条DNA片段，其中多态性条带46条，多态性带百分率为76.7％，计算得到的Jaccard相似性系数在0.415～0.937之间和Nei-Li遗传距离在0.032～0.413之间，结果表明取自西双版纳地区三个村寨的这31个旱稻品种可以检测到较高的遗传多样性。对遗传距离进行聚类分析，得到的四个类群和这些品种所记录的最初来源相关，而与采集的村寨并不相关。
比较分析三个采集村寨之间的遗传多样性发现，不同村寨中旱稻品种的遗传多样性不同。巴卡小寨的有效等位基因数(1.501)、香农多样性指数(0.4208)、多态位点百分率(73.33％)最高，巴卡小寨的11个旱稻品种有较高的遗传多样性，接近全部31个品种的多样性(1.510，0.4275，76.67％)；相反，曼那龙寨的旱稻种的多样性则明显偏低(1.397，0.3165，56.67％)。该研究为农业生物多样性的保护提供了具体的数据支持。