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本文利用ISSR和RAPD分子标记技术，对分布于国内的40份大别山五针松的遗传多样性进行初步研究，分别利用POPGENE32软件及NTSYS软件对大别山五针松进行多样性分析和聚类分析。研究结果表明，10个ISSR引物对40份大别山五针松共检测出155个位点，多态位点百分率在14.84％-70.32%之间，多态性位点百分率最高的是瑶落坪-2的70.32%，最低的是桃花冲的多态性比率是14.84%。ISSR结果显示Shannon多样性指数（I）平均值为0.4460，Nei多样性指数（h）平均值为0.2911，种群间遗传分化系数Gst为0.4094，大别山五针松种群内变异占总的变异的59.06%。 10个RAPD引物对40份大别山五针松共检测出148个位点，多态位点百分率在0.68%-60.81%之间，多态性位点百分率最高的是瑶落坪-1的60.81%，最低的是桃花冲的多态性比率是0.68%。遗传距离聚类分析得出，把5种大别山五针松聚为2个大的类群，把瑶落坪-1、瑶落坪-2和闻坳林场聚为一类，把康王寨和桃花冲聚为一类。RAPD结果显示Shannon多样性指数（I）平均值为0.4536，Nei多样性指数（h）平均值为0.2974，种群间遗传分化系数Gst为0.0751。大别山五针松种群内变异占总的变异的92.49%。遗传距离聚类分析得出，把5种大别山五针松分聚为2个大的类群，把瑶落坪-1、瑶落坪-2、闻坳林场和康王寨聚为一类，桃花冲为一类。 总之，与其他的松科植物相比，大别山五针松的遗传多样性水平是比较高的，遗传多样性不是导致大别山五针松濒危的原因。导致大别山五针松濒危的原因是环境因素和自身更新不良。