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猪脂肪性状是重要的经济性状，脂肪性状的改良一直是家畜育种工作的主要目标之一，不同猪种尤其是中国地方猪种与外国引进猪种在脂肪性状上表现着极大的差异。脂肪组织的蛋白表达在能量、脂肪代谢和抗逆性方面起着非常重要的作用。为了初步了解造成中外猪种在上述性状上表型差异的遗传本质，本研究利用双向电泳技术、质谱技术及生物信息学工具对中外猪种中两个代表品种——蓝塘和长白猪背部脂肪组织的总蛋白质组进行了比较分析，旨在筛选出与生理、生化、脂肪代谢相关的差异表达蛋白，为探讨是否存在能预示脂肪特性差异的关键酶、或相关蛋白及其肽段。有助于为瘦肉型、抗逆性高猪的培育提供一个育种指标。主要研究结果如下：
1．为增加脂肪组织中总蛋白的溶解性及去除脂质等杂质对后继电泳的干扰，经过摸索，发现：液氮研磨+匀浆+裂解液(8．4MUrea，2．4MThiourea，5％CHAPS，65mMDTF，lmmPMSF)裂解+4℃离心能获得较好的蛋白抽提效果。
2．将2-DE技术及图像分析体系用于分离和分析猪背部皮下脂肪组织蛋白质组的差异表达，获得了脂肪组织蛋白质表达谱，并对其中6个差异蛋白点进行MALDI-TOF-MS鉴定，获得了肽指纹图谱(PMF)，并进行了初步鉴定。得到6个差异表达蛋白：主要组织相容性抗原I(MHCI)、CD9抗原、真核翻译起始因子4B(elF-4B)、肌球蛋白轻链(MLC)、肌酸激酶(CK)、白细胞介素．6(IL-6)。
3．在蓝塘猪中表达丰度上调的Prol及Pr02，即主要组织相容性抗原I(MHCI)和CD9抗原，部分解释了蓝塘猪与长白猪种在抗病性、免疫应答能力上存在品种层次的差异性。在长白猪表达丰度上调的Pr04和长白猪特异性出现的Pr05、Pr06，即肌酸激酶(CK)和肌球蛋白轻链(MLC)、白细胞介素．6(IL-6)，也揭示了蓝塘猪与长白猪种在能量代谢、脂肪沉积能力上的差异性。而对于长白猪中特异性出现的Pr03，即与真核翻译起始因子4B(elF-4B)有很高同源性的蛋白，可能为与蛋白合成相关的蛋白，但其具体功能仍需结合进一步实验加以证实。