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海参在分类上属于棘皮动物门中现存的六个纲之一的海参纲。全球大约有1200多种海参分别隶属于海参纲的六个目中。海参纲根据海参的形态特征如：触手的形状、管足和呼吸树的有无分为6个目。而在科的水平上，其分类的主要依据是埋没于外皮之下的微小的石灰质骨片，其中海参咽部的钙质骨板(石灰环)的形态在海参分类上很重要。在种的水平上，其形态上的差别较小，对海参进行种的水平上的区分没有非常精确有效的方法。对于已被加工过的干参则更缺乏科学的鉴定方法，需要寻找一种简便准确的方法对加工后的海参进行鉴定。
由于干海参经过一系列复杂的处理过程后，其基因组DNA已被降解掉，所以用其他基于基因组的分子标记方法无法进行鉴定。而由于动物线粒体基因组在遗传上具有自主性，每个细胞中有1，000～1，0000个拷贝，基因组的结构比较简单、稳定，便于进行结果分析。且个体内的线粒体DNA具有高度的均一性，一般无组织特异性，则本实验采用线粒体序列分析的方法对海参进行鉴定。
采用聚合酶链式反应(PCR)对大连海参，青岛海参，日本关东参，日本关西参，俄罗斯红参，白乳参，小梅花参，靴参，乌枣参，西洋海参样本的线粒体蛋白质的编码基因(细胞色素氧化酶COI)进行了扩增，电泳检测在650bp左右都得到了清晰的扩增产物条带。PCR产物纯化后与T载体连接，进行了克隆、测序。分别得到了长度分布在620-660之间(不含引物)的碱基序列，10个种类海参的COI片段的碱基组成差别都不大，GC含量分布在41.4％-45.3％之间。利用MEGA软件检测到以大连海参1号(DL1)样品为参照数据，所有个体在652bp长度的片段中共检测到发生替换的变异位点为163个(不包括插入/缺失多态位点179个)。16种单倍型间的遗传距离差距不大，梅花参与其他海参的遗传距离较大，约为0.002-0.115，其他海参间仅为0.000-0.020之间。通过计算不同个体间的遗传距离构建NJ和MP系统树。海参中COI片段的成功扩增，再次证实该引物在棘皮类中通用性良好。本法仅仅是对海参进行了初步鉴定，该方法尚有不完善之处。由于需要确定海参在基因水平上的变异是否得到积累和保留，造成了物种间较大的遗传差异，则要准确鉴定海参，还要进行大数量的测序工作，或结合其他基因和方法进行更加深入的探讨、研究。