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创新是推动社会经济发展的不竭动力,高新技术企业作为知识密集和技术密集的经济实体,承担着创新的主要任务。创新投资作为提高高新技术企业创新能力和企业价值的主要手段,能够对技术创新活动产生重大影响,而高新技术企业创新活动的不确定性和高风险性增加了企业创新投资的难度。高新技术企业合理进行创新投资,有利于企业节约创新投入成本,提高企业技术创新产出,进而提高企业创新绩效,提升创新投资效率。本文阐述创新投资的含义和特征,以及创新投资效率的内涵和评价标准,分析高新技术企业创新资金的来源情况,并从内外两方面介绍创新资金的投放情况,揭示创新投资结构。从宏观维度和微观维度分析高新技术企业创新投资效率的影响因素,并利用层次分析法确定其主要影响因素,在此基础上设计高新技术企业创新投资效率评价指标体系。选择数据包络法的BCC投入导向模型作为创新投资效率的评价方法,并对哈药集团进行实证研究,实证结果得出该企业创新资金投入不足,融资规模不能有效满足企业的发展需求,研发人员占比不足,在今后的创新投资工作中哈药集团应加大创新资金投入力度,扩大融资规模,增加研发人员,适当提高资产负债率和流动比率。最后提出高新技术企业创新投资效率的优化策略,包括创新投资的投入支持策略、完善高新技术企业治理结构、提升企业创新资金周转能力和优化创新投资决策机制及流程。