中国家猪的群体遗传结构及选择分析

• 作 者: 芦方茹
• 机 构: 中国科学院大学
• 出 处: 中国科学院大学
• 发表日期: 2017年期
• 关键词: 家猪 群体遗传结构 基因测序 性状选择

在人类的进化发展史中，驯化是人们在生产生活实践当中出现的一种文明进步行为。而家猪的驯化更是给人类的生活带来了极大的改善，可供人类食用、制衣、制作工具等，解决温饱问题，以及现今衍生出的作为生物医学模型。　　中国地大物博，具有丰富多样的家猪品种，而不同品种间也具有不同表型性状，例如体尺、脊椎数、毛色、产仔数、瘦肉率等等。不同的表型性状可能反映了当地地理环境以及人文环境对该家猪的选择倾向的差异，因而我们想要通过研究中国家猪的多样性以及群体分层情况，更进一步去了解中国家猪的驯化过程，以及在驯化过程中人类的行为活动对该过程的影响。　　中国家猪虽然具有许多优良特性，但是也具有生长缓慢，屠宰率偏低，背膘较厚，胴体中瘦肉少而肥肉居多等缺点，而欧洲家猪具有生长率高，瘦肉率高，饲料利用率高等优点。杂交一直以来都是最常用的改良生物性状的方法，无论是在19世纪末20世纪初，又或者是新中国成立初期以及改革开放之后，均有文字记载中国曾引入欧洲家猪，与中国家猪发生杂交，因而我们想要进一步在基因组层面研究验证欧洲家猪对中国家猪的基因渗入情况。　　随着二代基因组测序技术日益趋于成熟，从而使得生物学领域的一些曾经的难题现在可以尝试去探索与解决。　　我们选择了427个猪的基因组重测序数据，其中237个来自于中国家猪，共得到六千万个单核苷酸多态位点。通过一些群体结构研究分析，我们发现所有的中国家猪在基因组层面可以分为三个亚群体，而这三个亚群体在地理位置上相应也分别聚为三个不同的区域，更有意义的是，我们发现了其中一个亚群体内的家猪几乎全是小型猪。这三个亚群体由于地理环境以及人文环境的差异，因而受到不同的选择倾向，反映在基因组上即这三个亚群体具有不同的受选择的区域，在这些受选择区域内的基因也涉及不同的功能。　　通过查找子代同一的片段的方法分析欧洲家猪对中国家猪的基因渐渗，我们可以发现我们所分析的17个中国家猪中，每个品种或多或少都含有欧洲家猪的基因渗入，渗入比例较高的猪种分别是东北民猪，莱芜猪，盆周山地猪等，渗入比例较大的区域为东北、山东、海南、广西、云南、四川等地，多为曾经被外国侵略者入侵的省份，以及沿海城市。