【摘 要】
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西藏绒山羊是我国著名的绒用山羊品种,其羊绒纤维直径在国内绒山羊品种中较细,属于具有较高经济价值的天然动物纤维,但近几年随着国内畜牧业饲养方式的转变和羊肉价格的冲击基层育种工作出现了懈怠现象,致使羊绒纤维直径有变粗的趋势,严重影响了羊绒品质,给农牧民造成了一定的经济损失。但是目前对西藏绒山羊羊绒纤维直径性状相关研究较少,其调控机制尚不清楚。因此,开展西藏绒山羊羊绒纤维
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西藏绒山羊是我国著名的绒用山羊品种,其羊绒纤维直径在国内绒山羊品种中较细,属于具有较高经济价值的天然动物纤维,但近几年随着国内畜牧业饲养方式的转变和羊肉价格的冲击基层育种工作出现了懈怠现象,致使羊绒纤维直径有变粗的趋势,严重影响了羊绒品质,给农牧民造成了一定的经济损失。但是目前对西藏绒山羊羊绒纤维直径性状相关研究较少,其调控机制尚不清楚。因此,开展西藏绒山羊羊绒纤维直径性状的研究就显得尤为重要。那么从遗传学的角度究竟是哪些因子对西藏绒山羊羊绒纤维直径性状的形成发挥重要调控作用呢?鉴于此,本研究以不同羊绒纤维直径的西藏绒山羊为实验材料,运用RNA-seq、Label-free、分子生物学和生物信息学等方法开展羊绒纤维直径性状的研究,筛选调控羊绒纤维直径性状的关键调控因子,为阐明西藏绒山羊羊绒纤维直径性状的分子调控机制和细绒型新品系的培育及分子标记辅助选择提供重要的实验依据。1.基于DElncRNA和DEmRNA筛选羊绒纤维直径性状相关转录因子利用转录组测序技术对4只细绒组(F)和4只粗绒组(C)西藏绒山羊肩胛部皮肤组织进行分析,共检测到470个lncRNAs和29119个mRNAs。筛选到80个DElncRNAs和384个DEmRNAs。对DElncRNAs预测靶基因进行GO、KEGG及lncRNA-靶基因互作网络分析,发现lncRNAENSCHIT00000009853和MSTRG.16794.17的8个预测靶基因与羊绒纤维直径相关。对DEGs进行GO和KEGG分析,发现FOSB、CXCL10、COL4A3BP、CXCL9、FOS、KRT85、KRT33A、CXCL11、NOTCH2、NOTCH3等参与皮肤和毛囊的分化和发育过程。对DEGs构建互作网络发现PMSD3、PMSD11、PMSD14、SRC处于核心节点。随机挑选6个DElncRNAs和6个DEmRNAs进行qRT-PCR验证,结果与RNA-seq数据趋势一致,说明lncRNA和mRNA测序结果可信。2.基于DEmiRNA筛选羊绒纤维直径性状相关转录因子利用转录组技术对4只F组和4只C组西藏绒山羊皮肤组织进行miRNA测序分析,共检测到545个miRNAs,其中包括426个已知miRNA和119个未知miRNA。对筛选到的12个DEmiRNAs预测靶基因进行GO分析,发现靶基因显著富集到多细胞生物发育、动物器官发育、轴突发育等生物学过程(p
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