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鼠尾藻(Sargassum thunbergii)隶属于褐藻门(Phaephyta)、圆子纲(Cyclospreae)、墨角藻目(Fucales)、马尾藻科(Sargassaceae)、马尾藻属(Sargassum)，是中国沿海习见的种类，是北太平洋西部特有的一种暖温带性大型海洋经济褐藻，我国沿海地区北起辽东半岛南至雷州半岛都有广泛分布，是海参、鲍鱼等水产动物的优质天然饵料。
本研究运用ITS-2基因和AFLP技术对采自辽宁大连旅顺盐场和长海县，山东海阳市、浙江洞头县4个地理群体的鼠尾藻进行了遗传多样性和遗传结构的研究，为鼠尾藻自然资源的保护和开发提供依据，为通过地理种群组合杂交育种，提高鼠尾藻养殖水平奠定基础。
本实验共筛选了5对AFLP引物，对四个群体共计120个鼠尾藻个体(每个群体30个个体)进行了研究。利用Popgen32软件分析了群体内的遗传变异和群体问的遗传结构，计算不同群体间的遗传距离。并对四个群体共40个鼠尾藻个体(每个群体10个个体)的ITS-2基因进行部分序列比对分析，计算碱基含量、群体间的遗传距离。
实验结果表明：在所测得的四个地理群体鼠尾藻ITS-2基因部分序列中，A、T、G、C的平均含量分别为：21.0％、22.1％、30.1％和26.8％，无变异位点，没有发生碱基缺失、颠换，所测得的碱基序列完全一致。
通过.AFLP方法，5对引物共得到340个位点，多态性位点比率旅顺盐场群体(LS)为82.31％、大连长海群体(CH)为78.97％、山东海阳群体(HY)为91.03％和浙江洞头群体(ZT)为94.87％，平均杂合度分别为0.2088、0.1862、0.2505和0.2736，香农多样性指数分别为0.3273、0.2974、0.3911和0.4236。群体间的遗传距离0.0301～0.1437之间，浙江洞头和山东海阳的遗传距离最小，为0.0301；而浙江洞头和旅顺盐场的遗传距离最大，为0.1437。
基因分化系数(Gst)为0.0504，即说明群体间遗传变异占总变异的5.04％，群体内的遗传变异占总变异的94.96％，证明群体间没有明显的遗传分化，大部分的变异来自群体内部。
通过对鼠尾藻遗传变异和遗传结构的分析，发现4个群体的遗传多样性水平均出现了一定程度的降低。AFLP分子标记技术对微小差异高度敏感，是分类和遗传多样性研究中高效、可靠的有力工具，适用于对遗传信息了解不多的、亲缘关系及遗传上区别不大的种类进行遗传多样性分析。