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本研究以分布于内蒙古的草甸草原、典型草原、荒漠草原及荒漠上的针茅属植物为研究对象，克隆了7个物种针茅的水孔蛋白基因片段1120bp(GenBank登录号：EF061925-EF061931)。测序后用生物学软件，对其序列结构、核苷酸组成进行了初步研究，并构建了针茅属植物水孔蛋白基因进化树，同时利用PCR-SSCP分析方法研究了水孔蛋白基因的第一外显子和第一内含子的多态性。结果表明，针茅AQP基因含有3个外显子和2个内含子，外显子的大小，内含子的位置都有很高的保守性。外显子1有3种基因型(AA，BB，cc)，内含子1有4种基因型(DD，EE，FF，GG)，多态性只存在于物种间，而物种内均未发现多态性。针茅AQP基因所编码的蛋白质中，极性氨基酸含量高于非极性氨基酸，带正电荷的氨基酸含量高于带负电荷氨基酸。构建的三种进化树的树型基本一致，进化关系最近的是贝加尔针茅(BJE)和大针茅(DZM)，支持率高于90％，然后是克氏针茅(KS)，支持率也达到了70％以上，长芒草(CMC)和短花针茅(DH)在同一分枝上，支持率同样高于70％，戈壁针茅(GB)与针茅属植物其它物种形成了明显的进化分枝，进化关系与针茅生境替代性具有一致性。