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新一轮医药卫生体制改革自2009年开始正式开展，新一轮医改中公立医院改革成为热点也是难点。在公立医院改革中最重要的一部分是补偿机制改革，现今我国公立医院的补偿方式主要有：政府财政补偿、医疗服务收费和药品加成收入三个部分。这几年国家财政对公立医院财政补助有下滑趋势，再加上国家政策对医疗服务定价限制，由此公立医院为了能够正常营运，做到收支平衡只能靠补偿方式的第三个部分增加药品加成收入以维持，从而致使了公立医院的趋利倾向、公益性减弱等问题，影响了整个社会的和谐与稳定。本文在阐述了大环境下公立医院成本现状与补偿机制现状后，着重从W市Z医院入手，通过对医院的财务数据、成本核算数据以及内部绩效数据的分析,从而深入研究政府对大型公立医院的财政补助、成本核算、绩效考核等几个方面的问题，并进一步从补偿方面提出了以下几点有针对性的完善措施：一．细化全成本核算。二．设计科学合理的公立医院财政补偿制度。在调整医疗服务价格基础上与财政补偿相结合，加大政府财政补偿,明确规定医护人员工资薪酬、医院房屋建造、购买医疗仪器等项目和政策性亏损的补助程度，实现与医疗服务收费互相补充，保证公立医院的运行良好和可持续发展，之后达到公立医院实际成本和政府补助以及社会承担的平衡。此外，明确规范政府财政补偿的标准和范围，创建科学合理的财政补偿制度。同时,严格控制医院基建规模“设立预算绩效评估制度”,即依照公立医院提供的医疗服务数量和质量,运用“后补制”的方法，来提升财政补助的效率。三．医疗保险基本政策改制。公立医院应当落实医疗保险制度从医院内部方面可以建立医院内部绩效评价考核制度，用来约束医疗工作人员的行为态度，提升医护人员对医保的重视程度；医院还应当拟定出标准完善的医疗保险结算方法，让公立医院不仅取得更高的经济利益和社会效益，同时也让政府满意，让群众满意。四．合理设定医院绩效指标分类补偿，提高财政资金使用效率。实施的财政补偿政目的为了能让公立医院更侧重于公益性，公立医院要想回归公益性必须激励医院自身进行成本控制，控制医院成本费用，提高医院服务效率，尽能够使医院服务效益达到最大化。再从医院内部建议科学合理的绩效考核制度，将服务质量与服务水平与医疗工作人员工资相挂钩，调动员工积极性。从以上几方面为公立医院补偿机制的改革提供具体的借鉴和参考。本论文采用文献研究法、实地调查法、数据分析法、问卷调查法，在介绍概念范畴的基础上，综合运用相关理论，力求探寻公平与效率的最佳契合点。