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科技对国家来说是种重要的资源,是推动社会进步的决定性力量,决定了国家综合国力的强弱。行政事业单位作为我国的执法监督和社会服务部门,其科研技术水平决定了政府的监督和管理水平。近几年来,我国政府的监督和管理水平受到社会各界和人民的高度关注,就福建省质监系统来说,三鹿奶粉事件、三聚氰胺事件、苏丹红事件以及最近的瘦肉精事件,这些事件都与政府部门、各行政事业单位的科研水平紧紧相关。为了表示政府的决心,提高执法监管和社会服务的能力和水平,各地政府纷纷编制各种科技计划,加强对行政事业单位科研经费的投入,以提高科研水平。科研经费的使用效益直接影响了科研水平的质量,虽然这几年政府不断建立、健全和完善科研经费管理体系,科研经费的管理状况不断得到改善,科研经费的使用效益不断提高,但是我国的行政事业单位的科研经费管理还存在很多问题,科研经费的使用效益总体不高,严重影响了我国行政事业单位科研水平的进一步提高。为加强认识行政事业单位科研经费管理的重要性,提高我国行政事业单位科研经费管理水平,加强行政事业单位的科研能力,提升对社会的监督、管理和服务水平,稳定社会秩序,构建和谐社会。本文以系统管理理论、公共选择理论等为基础,采用演绎、推理、比较、归纳以及案例分析等方法,以福建省质监系统为例,从科研经费管理的筹集、分配、支出和结算的四个过程研究分析我国行政事业单位现行的科研经费管理过程中存在的问题,并深入分析其产生的原因,本人借鉴国外成熟的科研经费管理经验、理念和国内外专家的研究成果,提出了完善科研经费管理体制,规范政府行为;合理分配有限的经费,提高科研经费的使用效率;使用各种财政手段,严格控制科研经费核算管理;加强科研经费结余管理,实现科研经费结余的循环利用;实行全过程监督,实现科研经费的事前、事中、事后全方位监管,以改善我国行政事业单位科研经费管理中存在的问题,提高科研经费的使用效率,实现投入产出最大化,产生更好的社会经济效益。