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菊花（Dendranthema×gradifolium）是菊科（Compositae）菊属（Chrysanthemum）多年生草本植物，原产于我国，品种资源丰富，是我国十大传统名花之一。菊属植物达30多种，有17种分布于我国。目前，菊花品种在世界上已有上万种，其中我国有3000多种。菊花种下形态变异极为丰富，而对其遗传背景及亲缘关系的系统研究又存在不足，致使其育种工作受到很大限制，严重阻碍了菊花的改良和实践应用。AFLP（扩增片断长度多态性）是一项新的基于PCR反应的DNA分子标记技术，具有可靠性好、重复性强、可信度高及丰富的多态性和较高的个体特异性等优点，广泛应用于品种鉴定、遗传育种研究、遗传多样性分析、遗传图谱构建等方面。本试验利用AFLP分子标记技术对70个菊花栽培品种进行了遗传多样性研究。从64对引物中筛选出了6对多态性高、分辨率好的AFLP选择性引物对供试材料的基因组DNA进行扩增，总共获得了191条清晰可辨的谱带，其中多态性条带181条，多态性位点高达94.8%，平均每个引物组合扩出多态性条带30.2条，揭示了菊花栽培种质丰富的遗传多样性。对AFLP扩增结果采用UPGMA法进行聚类分析，多数瓣型相同的菊花种质表现出较为密切的亲缘关系。SSR（简单重复序列）标记是一种基于DNA长度多态性的分子标记技术，是进行群体遗传结构分析以及构建遗传连锁图谱非常有效的工具。本试验采用生物素——磁珠吸附微卫星富集法对菊花SSR分子标记进行开发。结果获得了8对菊花SSR引物，用含44个菊花品种的5个群体对这8对引物进行检测，其中的6对具有多态性，2对不具有多态性。