【摘 要】
：
二代测序技术的快速发展推动了基因组学等组学的高通量定量研究。基于二代测序技术的全基因组重测序研究有助于研究物种遗传多样性,种群结构,物种起源与进化,以及全基因组关
论文部分内容阅读
二代测序技术的快速发展推动了基因组学等组学的高通量定量研究。基于二代测序技术的全基因组重测序研究有助于研究物种遗传多样性,种群结构,物种起源与进化,以及全基因组关联分析。柑橘作为世界第一大水果,同时也是果树类物种的遗传、育种、基因组学研究的重要参考物种之一。甜橙被认为起源于野生宽皮橘和野生柚的杂交后代,通过珠心胚无性繁殖,并以嫁接等方式培育；因此其基因组具有高度的杂合性。基因组杂合度是植物杂种优势的遗传基础。此前的研究对于甜橙基因组杂合度的研究缺少全基因组范围内研究结果,同时对于甜橙的起源模式和遗传来源缺少全基因组研究的证据。本研究中,我们利用全基因组测序数据,对甜橙基因组的杂合度进行了深入的研究,分析了杂合位点对基因表达的影响,同时确定了甜橙基因组的遗传来源,并对其遗传模式进行了推测。主要研究结果如下：1)利用甜橙参考基因组的杂合二倍体亲本测序数据,使用生物信息学分析工具预测亲本的杂合位点,总共发现SNP位点868,490个,InDe1位点151,080个,大片段结构变异位点3,517个,包括2,615个删除变异,836个插入变异,66个倒位变异。同时,利用不能比对到参考基因组的读段数据,组装出非参考基因组序列42Mb,并注释出134个蛋白质编码基因。2)根据杂合位点的注释结果,我们定义了有害突变的位点；并结合不同组织下的RNA-seq基因表达数据,发现了近半数含有该位点的基因存在组织差异表达现象,而位于大片段删除变异区段的基因存在低表达的现象；此外我们发现了1,062个基因呈现等位差异表达的模式。3)利用野生宽皮橘和野生柚的全基因组测序数据,我们共鉴定出甜橙基因组中39.7Mb和118.2Mb的区段来源于野生柚和野生宽皮橘,两者来源比例接近于1：3,我们推测甜橙的起源模式：野生柚母本与野生宽皮橘父本杂交得到F1代,以F1代为母本再和野生宽皮橘父本杂交,得到的后代就是野生甜橙的祖先,再经过人工培育选择得到现代的甜橙。
其他文献
反恐防暴机器人进入楼宇中有状况房间的开门操作问题属于运动受限机器人的力控制问题,而传统的力觉控制方法在原理上都存在一些缺陷,如力/位混合控制的力控制器和位置控制器
胰岛是胰腺的内分泌腺，其主要作用是感受体内的血糖水平并对其进行调节。胰岛在形态上是许多大小不等、形状不同的细胞团。其中主要的细胞类型包括α、β、δ、pp和ε等5种细
4月25-28日,亚太地区规模最大的礼品家居贸易展一第二十五届中国(深圳)国际礼品、工艺品、钟表及家庭用品展览会(简称:深圳礼品家居展)在深圳会展中心隆重举办。作为深圳会展
压气控制系统工作性能的好坏,直接影响牙轮钻机操作的可靠性,运行当中的灵活性与安全性。目前KY-250A型牙轮钻机是我矿的主体穿孔设备,但在使用过程中,压气控制系统经常出现,
请下载后查看，本文暂不支持在线获取查看简介。
Please download to view, this article does not support online access to view profile.
安全优质播出是广播电视工作的重中之重,也是老百姓看到优质节目的最后一个环节,本文就安全播出和日常维修维护工作特点,以及如何使用好设备和技术提出自己的看法和认识。
S
《艺术评论》创刊百期!rn百期,无声地诉说着、记录着、见证着,也坚持着、成长着、希冀着……rn我们秉承“以深入艺术本体,令人信服的说理、分析,以健康的文艺批评,努力促进文
该试验旨在提高以许昌为代表的豫中补灌区麦田土壤地力水平，寻找较为适宜的耕作以及秸秆还田模式。试验以丰德存麦1号为供试材料，在河南省许昌县张潘镇李庄村试验田进行。试验设置了六个不同处理，分别为免耕、浅耕、深耕、免耕+秸秆、浅耕+秸秆、免耕+秸秆。分析不同处理间麦田土壤的含水量、容重、微生物区系、土壤肥力、土壤团聚体等，探讨了不同耕作和秸秆还田措施下小麦生长发育以及麦田土壤的物理化学性质之间的相互关系
新媒体时代的到来,催生了摄影的平民化。因此,有的传统纸媒在新媒体的冲击下发行下滑时撤销了摄影部,使得一些专业摄影记者面临职业的挑战。但是,新闻图片在传统纸媒上的传播
4月16日股指期货推出以来,股指期货标的股指——沪深300指数已从4月15日收盘的3394点经过31个交易日一路下跌至6月1日的2773点,下跌621点,跌幅近18.3%。股指期货推出后现货市