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我国有悠久的山羊驯化和养殖历史,拥有丰富多彩的品种和遗传资源。山羊为人类提供肉、纤维、皮和奶等产品。然而目前对山羊特征体型体貌、重要的生产和繁殖等经济性状的遗传机理研究多以单基因和候选基因验证为主,这严重忽略了生物的系统性,所以筛选的致因基因的准确度也较低,从而导致山羊经济性状遗传剖分和遗传机理研究进展缓慢。随着高通量测序技术的不断发展,为从全基因组层面筛选经济性状候选基因提供了可能。本研究以饲养在西南大学实验羊场的大足黑山羊(n=6)和内蒙古绒山羊(n=6)为研究对象,采集颈静脉全血样本用于DNA提取,经检测合格后用于构建350bp双末端测序文库,然后采用Illumina HiSeq PE150平台进行全基因组测序。原始数据通过BWA软件进行质检和过滤接头等后比对到参考基因组。接着利用SAMtools软件检测基因组单核苷酸多态性(Single Nucletide Polymorphism,SNP)并用ANNOVAR软件注释。分别采用Cluster 3.0、ADMIXTURE和MEGA 5.2进行主成分分析、遗传结构和邻近进化树分析;变异比较分析首先筛选每个群体相同的SNPs,然后比较两个群体差异SNPs,并将外显子SNPs注释到基因;其次分别计算群体杂合性(Heterozygosity,Hp)和群体分化(Fst)来筛选候选基因,再分别用Goseq(Bioconductor 2.12)和KOBAS(kobas2.0–20120208)进行GO和KEGG注释分析初步了解候选基因功能。本研究共产生192.747Gb原始数据,平均鉴定了500多万个SNPs。主成分分析、遗传结构和邻近进化树分析均显示大足黑山羊和内蒙古绒山羊能够被完全分成结构清晰的两个不同群体;变异比较分析发现大足黑山羊和内蒙古绒山羊特有的SNPs各有1,873和1,706个,其中外显子变异各有21和17个,分别注释到16和14个基因;杂合性计算在大足黑山羊和内蒙古绒山羊基因组分别筛选到155和294个候选区域,分别包含86和97个候选基因;Fst统计检测到368个选择消除区域,含有候选基因164个;然后选取低杂合度和高遗传分化的前1.0%区域作为受选择区域,在大足黑山羊和内蒙古绒山羊基因组内分别筛选到239和176个候选区域,分别注释到135和176个候选基因。经过GO和KEGG功能富集、并结合参考文献报道和试验验证分析发现候选基因与山羊的体貌、生产和繁殖性能相关。如KIT基因(rs647214940)可作为山羊白毛的候选基因,FGF5基因是调控山羊被毛生长的关键候选基因;BIRC6基因可能是山羊季节性繁殖的重要调控基因;EGLN1基因(rs659097694)是内蒙古绒山羊适应性高海拔环境的候选基因。本研究通过全基因重测序、变异检测、群体结构、变异比较和选择信号分析等手段,筛选了系列与山羊经济表型性状相关的候选基因,为深度揭示山羊表型性状的遗传机理奠定了基础。