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本研究以180份苦荞种质为研究材料,对它们的农艺性状、SSR分子标记进行分析,以便为苦荞育种提供指导。主要结果如下:1.农艺性状分析:对180份苦荞种质资源的8个主要农艺性状进行评价,并对单株粒重与其他7个农艺性状之间进行相关性分析和通径分析。结果显示,主要农艺性状的变异系数为8.10%~39.40%;简单相关分析表明,单株粒重与单株粒数、主茎分支数呈极显著正相关;偏相关分析表明,单株粒重与单株粒数、千粒重呈极显著正相关;多元回归和通径分析均表明,单株粒数、千粒重是影响单株粒重的主要因素,其中单株粒数影响最大,线性回归方程为:Y=-5.011+0.025X1+0.198X2。系统聚类分析表明,180份苦荞种质资源可划分为五类,其中第Ⅲ类(包括47份供试材料)的综合农艺性状较好,主要表现为主茎分枝能力强、单株粒数多、单株粒重和单株米粒重高,可作为优异基因资源进一步开发利用,也为以增加单株米粒重与出米率为选育目标的苦荞薄壳育种提供依据。2.SSR分子标记分析:61对SSR引物在177份苦荞种质中扩增出281条谱带,平均每对引物扩增4.61条,其中以引物242最高,达11条。扩增引物多态性谱带数为216条,均值为3.54条,大于5条的引物有7对。所有引物扩增的多态信息量(PIC)在0.20~0.91,平均值为0.74,以引物242、004、184最高,6891-2偏低。有21对引物的多态性谱带百分率为100%,平均多态性谱带百分率为80.20%。标记索引系数值中,引物242最高达10.01,均值为3.59。苦荞种质间遗传相似系数分析表明,当相似系数为0.706时,所有的种质被区分为五大类,第一类为云南西双版纳的地方品种小孟荞;第二类有6份种质,其中5份来自贵州威宁和1份四川;第三类为四川凉山的审定品种川荞2号;第四类有5份种质,分别来自贵州威宁、山西太原、云南迪庆、四川凉山;剩下的164份苦荞种质聚在第五类,种质之间有复杂的遗传关系。3.种质遗传指纹图谱分析:在构建苦荞种质核心引物中,筛选出多态性高、稳定性强、重复性好等综合特性优的9对引物进行单引物鉴定能力分析和核心引物组合鉴定能力分析,结果显示9对引物组合可将177份苦荞种质区分,并分为六大类。9对核心引物共扩增出147种带型,平均16.33种。其中引物184带型最丰富,扩增出27种,引物2216-7较少,扩增出8种,9对引物单独扩增可以鉴定出49份种质。