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狂犬病(Rabies)是由狂犬病病毒(rabies virus,RABV)引起的人兽共患病,可以感染所有哺乳动物,其死亡率接近100%。内蒙古自治区既往一直是狂犬病低发或无病例报告的地区,但从2007年至2014年,出现了30多例动物感染狂犬病的病例；2011年内蒙古自治区人狂犬病报告病例高达12例。本研究于2009～2012年间在内蒙古自治区收集了22份疑似狂犬病的动物脑组织样本,对其进行RT-PCR检测,共检出16份阳性样本。将22份疑似狂犬病的动物脑组织研磨离心后,取上清液脑内接种BALB/c小鼠,成功分离出16株狂犬病病毒株。RT-PCR扩增测序后获得16株狂犬病病毒全基因组序列,对分离的16株狂犬病病毒株进行N基因、G基因和全基因遗传进化分析,结果表明16株分离株均属于基因Ⅰ型,分离株NM5、NM8、NM13和NM16属于Cosmopolitan谱系,其余12株分离株属于Asian谱系,推测这两大谱系为内蒙古狂犬病主要流行谱系。属于Asian谱系的12株分离株与离近省份(北京、山西、河北)分离株BeijingHu1、Shananxi-BZ-6、HeBeiON基因核苷酸相似性高达98.8%-99.9%；属于Cosmopolitan谱系的4株分离株与邻近国家蒙古国、俄罗斯分离株Mongolia 3、3502fN基因核苷酸相似性分别在99.0%-99.1%和97.8%-98.0%。16株狂犬病病毒分离株的5个结构蛋白编码区大小、重要功能基序以及重要功能位点比较保守,但部分位点仍有氨基酸突变。16株分离株N-P非编码区以及P-M非编码区的长度不同,属于Asian谱系的12株分离株N-P非编码区、P-M非编码区长度分别为91 nt和87 nt,属于Cosmopolitan谱系的4株分离株N-P非编码区、P-M非编码区长度分别为90 nt和88 nt。狂犬病病毒分离株NM11、NM12、NM14和NM15在N蛋白第375位次要磷酸化位点处由苏氨酸变为赖氨酸,失去磷酸化位点。将16株分离株与疫苗株的G蛋白主要抗原位点进行比较,结果表明属于亚洲Asian谱系12株分离株与疫苗株存在G蛋白抗原位点Ⅲ V332I差异,属于Cosmopolitan谱系4株分离株与疫苗株存在G蛋白抗原位点Ⅱ T36A差异。在疫苗保护实验中,ERA (Cosmopolitan谱系)疫苗免疫BALB/c小鼠对分离株NM4 (Asian谱系)和NM8 (Cosmopolitan谱系)的攻击均能提供有效保护,保护率为100%,初步证实了目前兽用ERA疫苗能有效地保护动物对内蒙古自治区流行狂犬病病毒的感染。本研究从单个基因和全基因组角度分析了内蒙古地区狂犬病病毒的遗传变异情况,并对当前使用的疫苗免疫保护效果进行了分析研究,为制定狂犬病防控措施确保公共卫生安全提供科学依据。