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随着近代科学技术在欧洲的兴起并得到迅速的发展，科学、技术、经济三者相互促进的“新局面”加速形成，科技与经济一体化进程明显加快。技术创新活动的兴起和迅速发展正是科技与经济一体化趋势在微观层面上的具体表现。 在现阶段，与我国企业相比，高校尤其是研究型高校和综合性高校，具有创新资源和创新能力的相对优势，在区域技术创新活动中理应起到举足轻重的作用。由于高校本身固有的特点和缺陷，合作创新成为高校实现技术创新功能的主流模式，高校与其他创新主体之间存在明显的互动关系。 博弈论是研究决策主体的行为发生直接相互作用时候的决策以及这种决策的均衡问题。博弈论所内含的分析方法和深刻思想适用于研究高校与其他创新主体之间的互动关系。 高校与其他创新主体实现合作，首先碰到的第一个问题是如何寻找到合适的合作伙伴。问题的解决在很大程度上有赖于从根源上探究寻找合作伙伴的机理；高校与企业的技术创新合作可以用博弈论中的委托——代理关系进行分析；在分析中，我们假设创新主体符合“完全理性”，而事实上相当多的情况下创新主体远非满足“完全理性”，进化博弈很好地解释了这一矛盾。以上是第三章第一节要论述和解决的问题。 高校与其他创新主体的技术创新合作可以理解为资源的整合，通过建立博弈模型可以对这一问题进行探析；高校与政府的关系相对简单，他们之间的关系也可以通过设计博弈模型进行分析。以上是第三章第二节和第三节要讨论的问题。 高校与其他创新主体存在的这些博弈关系及其内含的机理，对区域创新系统有较大的影响。反过来，区域创新系统对这些博弈关系也有影响。作为论文的最后部分，我们还针对一些现实材料和实际问题进行实证性的分析。 论文的完成虽然不能对相关问题做出完整的解答，但论文确实着力对高校与其他创新主体互动关系中的一些核心问题进行深层的探讨。