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针对我国创新资源执行结构和科技管理体制改革背景,本文提出“地方政府科技投入应该投企业还是投公共研发机构”这一研究问题,在回顾区域创新系统理论、政府职能理论以及政府科技投入及其绩效研究的基础上,根据政府科技投入执行主体的不同,将我国地方政府的科技投入分为企业导向型、公共研发机构导向型和混合导向型三种类型,并比较了浙江、西藏、北京等地区创新发展的典型案例,在此基础上采用地方政府科技投入与企业科技投入的相关系数来分析地方政府科技投入的企业导向程度,采用地方属研发机构经费承担比例测算地方政府科技投入的公共研发机构导向程度,两者相结合判别我国地方政府的科技投入类型。为进一步分析不同科技投入模式下区域创新的绩效差异,论文选取我国31个省市自治区2001—2006年间的面板数据,运用Eviews5.1应用统计分析软件,通过对数型的柯布一道格拉斯生产函数来研究地方政府科技投入对区域知识创新绩效和技术创新绩效的影响,比较了三种投入类型下不同因素对区域创新的影响作用,在此基础上构建了加强科技投入、优化资源配置、提升区域创新绩效的政策建议。与以往研究相比,本文的进展和贡献主要体现在如下3个方面：(1)与以往研究不同,本文创新性地将地方政府科技投入模式划分为企业导向、公共研发机构导向及混合导向三种类型,并探索性的量化分类,对我国31个省市自治区科技投入做了类别划分,这丰富了政府科技投入的结构分析,为研究地方政府科技投入结构及其绩效提供了新思路。(2)在政府投入与创新绩效的研究方面,现有研究大多着眼于全国层面的研究或绩效评价指标体系的构建。本文采用面板数据深入研究不同地区地方政府科技投入结构及其与区域创新绩效之间的内在关系,拓展了对政府科技投入和绩效的相关研究,具有一定的理论探索意义。(3)本文在分析不同投入模式下地方政府科技投入对知识创新和技术创新不同影响的基础上,从资源投入、结构调整和管理机制三方面提出了相应的政策建议和具体措施,这对于地方政府优化资源投入、推进区域创新具有一定的现实指导价值。