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在全球化程度日益加深的同时，世界经济越来越呈现出区域化特征，区域创新系统的创新能力高低日益成为地区经济能否获取国际竞争优势的决定性因素。因而如何对区域创新系统创新绩效进行科学评价，找出创新过程中存在的诸多问题、提出改进的措施，进而提升创新能力就成为区域创新系统发展过程中一个不可或缺的重要环节。对区域创新系统科学全面的评价可以度量创新的效果，也有利于使整体决策科学化，降低创新风险。 关于区域创新系统创新绩效评价已有不少研究，但由于对此绩效评价涉及因素广泛，指标体系的制定还存在缺陷；单一模型在分析问题时还显得不够深入，不能充分说明区域创新系统存在的问题以及如何解决这些问题；如何选用模型及其组合以满足实践需要还有待突破。 本文主要从理论和方法论上深入探讨了区域创新系统创新绩效的评价问题。论文的主要研究内容及成果归纳如下： 首先，对区域创新系统理论和区域创新系统创新绩效评价的研究现状作了一个综合的评述，阐述了当前形势下对区域创新系统进行评价的必要性，介绍了目前普遍使用的绩效评价模型，对各种现有的区域创新系统创新绩效评价模型进行总结、比较，分析各种评价模型的特点，并探讨了区域创新系统创新绩效评价目前存在的主要问题及其发展趋势。 其次，通过深入分析影响区域创新系统创新绩效的因素，在借鉴国内外已有的区域创新系统创新绩效评价指标体系的基础上，根据全面性和科学性原则，从投入和产出角度出发，本着突出创新的指标设计思想，构建一套能较好反映区域创新投入和产出的区域创新系统创新绩效评价指标体系。该指标体系主要包括人力资源投入、创新资金投入、经济效益、技术成果四大类。每一大类指标又由若干明细指标组成，并具体解释了每个评价指标的意义。 再次，本文深入研究了区域创新系统创新绩效评价模型。DEA是一种多投入多产出的分析方法，由于不需要预先估计参数，在避免主观因素和简化运算、防止误差等方面有着不可低估的优越性。利用数据包络分析这一有力工具以及不确定多属性决策方法中的“基于离差最大化多属性决策方法”建立了一个完整的绩效评价与分析体系。首先利用C~2R模型和C~2GS~2模型将所有被评价单元按照是否有效分成两大类，并通过影子价格来分析各决策单元在投入方面的不足，同时详细分析了各决策单元的综合绩效、技术效率和规模效率；其次对于有效决策单元再利用“基于离差最大化多属性决策方法”对其创新综合能力进行综合排序，对于未达