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本文首先就后生动物早期起源和演化的分子系统学和分子发育生物学的研究进展以及苔藓动物系统演化的研究现状作了简要的评述.本文测定了8种唇口目苔藓动物的18S rRNA基因、9种唇口目苔藓动物的28S rRNA基因序列,并结合从GenBank中获得的相关动物类群的相应序列,运用MEGA、PHYLIP等系统发生分析软件以邻接法(NJ)和最大简约法(MP)等构建了它们分子系统树.本文根据所测定的8种唇口目苔藓动物的18S rRNA基因序列,结合从GenBank中获得的其它触手冠担抡动物的相应序列,构建了触手冠担抡动物的分子系统树,探讨了它们之间的系统演化关系.结果表明,颚胃动物、轮虫动物、棘头动物、腹毛动物和扁形动物为触手冠担轮动物中处于系统树基部、几个较早分化出来的原始类群.其余的动物门类构成一个分化较晚具有较近共同祖先的单元族.其中,苔藓动物不是单系发生的,它门和腕足动物、帚虫动物也不构成一个自然群体.本文还测定了24种唇口目苔藓动物的16S rRNA基因序列,结合GenBank中其它唇口目苔藓动物的相应序列,运用系统发生分析软件构建了唇口目苔藓动物主要分类群的谱系发生树.同时,根据分子钟的原理并结合确切的化石记录参照点推测了无囊类和有囊类的分歧1时间.结果表明了基于形态证据所界定的现今分类体系基本合理性,另外也显示有囊类是有无囊类演化而来,筛壁类(Cribriomorpha)可以根据其裸壁发育类型的不同分别归于上述二类.研究结果同时也表明唇口目内部特别是无囊类的一些分类群的系统地位还需重新厘定.分子钟的研究结果显示出无囊类和有囊类在其确定的化石记录出现之前都分别经历了120Ma以上和近100Ma的演化历史.最后,本文对大室膜孔苔虫(Membranipora grandicella)的Hox基因进行了初步检测和分析.结果只检测到2个不同的克隆.其同源盒序列的系统学分析和其同源域的氨基酸序列显示,这二个克隆分别对应于触手冠担轮动物的Lox-5和Lox-3基因.