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猪(Sus scrofa)在肉类产业中占有重要地位,随着高通量测序技术(Solexa sequencing)在miRNA测序中的广泛应用,利用niRNA-seq技术挖掘到大量与特定生物学或组织学功能相关的miRNAs。通过比较组织或生物学过程中miRNAs的表达差异,可以为解释脂肪组织中的成脂和脂肪细胞分化差异提供依据,同时,发掘与脂肪沉积调控相关的miRNA,为猪肉质改良提供后备基因。本文选取3头210日龄的健康长白母猪,测定了猪背部皮下上层脂肪(Upper layer of backfat, ULB)、背部皮下下层脂肪(Inner layer of backfat,ILB)、心脏包膜脂肪(Pericardial adipose, PAD)、腹膜后脂肪(Retroperitoneal adipose, RAD)、肠系膜脂肪(Mesenteric adipose, MAD)和大网膜脂肪(Greater omentum, GOM)的脂肪细胞体积及炎症相关基因的表达差异。采用Solexa测序方法分析了6个文库的miRNAs表达谱。利用IDEG6.0等软件,分析了这6个脂肪组织中miRNA的表达差异。通过组织和基因的聚类分析,探讨6个脂肪组织中miRNAs的表达规律。利用靶基因预测软件MicroCosm,预测了高丰度差异niRNAs调控的靶基因。通过GO (Gene ontology)和Pathway分析,研究了这些靶基因参与的生物学过程,从而解释这些差异表达miRNA在不同部位脂肪组织中的生物学功能差异。荧光定量结果显示,巨噬细胞标志基因CD14在内脏脂肪中的表达量显著高于皮下脂肪组织(p<0.05),说明在VATs中的巨噬细胞数量高于SATs。组织石蜡切片研究结果显示,长白母猪在210日龄时,SATs (Subcutaneous adipose tissues)的脂肪细胞体积极显著大于VATs (Visceral adipose tissues)(p<0.01)。通过Solexa测序,在6个脂肪组织小RNA文库中共获得803条miRNAs,其中,199条miRNAs已在miRBase数据库中公布,新发现miRNAs604条。miRNAs表达种类分析结果显示,6个文库两两间的共表达基因数相似(326±9个)。SATs与VATs间的差异基因总数达到398个,这部分差异基因中,在VATs中特异性表达的有303个。共表达基因的聚类分析结果显示,2个SATs与4个VATs明显的聚为2类。共表达miRNAs表达量差异分析显示,198个基因在、VATs与SATs间存在显著差异。与4个VATs miRNAs表达量比较,49个miRNAs在ULB中上调,81个出现下调；ILB中94个miRNAs出现上调,59个呈现下调。对SATs和VATs差异表达前10位的miRNAs做靶基因预测及GO和Pathway注释,结果显示,在SATs中上调的miRNAs调控的基因主要富集于能量代谢和脂肪代谢过程中,在VATs中上调的miRNAs主要参与炎症反应和免疫应答过程。通过本文的研究,不仅增加了猪脂肪组织中表达的候选miRNAs数量,还从miRNAs的角度初步分析了SATs与VATs内的生物学调控通路差异。为猪肉质改良和研究不同部位脂肪组织生物学功能差异提供了依据。