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作为掌握国家重要经济资源命脉的军工科研院所,其自身兼具国家经济发展的重要使命及适应外部变化的双重压力,在发展过程中少走弯路,尽快完成国家赋予的责任及目标是军工科研院所应该完成的重要任务。由于其同时具备国防科研要求及产品生产销售的性质,决定了军工科研院所不能与其他企业走相同的发展道路,国家正进行推进事业单位分类改革,军工科研院所面临着市场竞争压力,经受市场竞争洗礼的局面,处处遭遇风险席卷的军工科研院所应该靠自身完善的内部审计体系构架走出一条适应自身发展的道路,增强发展后劲,发挥增值型内部审计的积极作用,迎面解决缺少政策扶持及巨大市场竞争压力的问题。本文以军工科研院所-中电研究所作为研究主体,介绍了军工科研院所的发展方式以及中电研究所近40年的发展历程,通过案例研究方式介绍中电研究所的内部行使审计职能的部门-纪检监察与审计处日常工作及职责,并依据相关内部审计理论,借鉴实践过程中其他公司的内部审计相关制度及经验,对中电研究所内部审计现状存在的问题进行深入分析,并提出了对应的解决措施。从内部审计的机构的设置、制度的建立及工作的开展和职能的执行等方面到引入高效的前沿审计方法,抓住风险点,提升研究所内部管理的综合水平,对研究所内部审计存在的问题和相应的决策进行研究分析。在理论应用上,本文借鉴“双报告”模型,对研究所内部审计现存的上报模式给予了改进意见,在内部审计应明确的职能和执行力层面上做了一些探讨,职能层面与行政层面应分别对应不同上报渠道,同时发挥内审部门对单位的管理监督及风险管控的作用。内部审计部门在参与企业内部风险管理和行使职能监督时应注意保持内审的独立性,不应成为企业风险管理的主责部门,同时不能在给予企业发展建议时参与决策的制定和执行,不能让利益驱动使得内审部门做出影响其独立性的判断。研究所内审制度在集团公司总体制度框架下建立,应加强与集团公司上级审计部门的沟通,从业务及管理方面对成员单位进行指导,建立健全的内审制度,明确内部审计部门职责定位,加强内部控制建设与执行,向风险导向型审计模式过度,引入增值型审计方法及审计信息系统,全面提升审计工作效率。本文可作为中电研究所内部审计工作参考,也作为国企或事业单位建立健全内部审计体系和提升工作效率的参考。