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生态地理环境是人类社会经济系统赖以生存的物质基础和实现可持续发展的重要保证，然而由于生态地理环境本底条件的差异性以及人类社会发展的影响，使得许多区域自然环境不断恶化，脆弱的自然环境成为制约区域发展的重要问题。
本研究以生态地理环境格局与社会经济的关系研究为内容，探讨人地关系研究的方法，以促进自然—社会的协谐发展。研究以1km2栅格数据为基础，从生态地理背景、生态系统脆弱性、生态系统服务功能重要性3个方面研究了区域生态地理环境格局，并从人口与GDP分布两个方面研究了区域发展的总体格局。研究分别采用象限分析法和协调度与协调发展度构建了分析模型，对生态地理环境与区域发展的关系进行了综合分析，并指出了区域生态系统治理与保护、区域发展的重点区域，拟订了新疆的综合地域发展区划。
生态地理背景研究表明：新疆的生态地理背景对于人类从事生产生活的适宜性总体较低，不适宜区域面积占新疆总面积的74.27％，其他适宜性等级的面积累计占总面积的25.73％。新疆不存在高度适宜区；较适宜区和一般适宜区主要分布在河流、湖泊流经的山前平原地带；广大山区、沙漠区和戈壁地区都是不适宜区。海拔高度和水分因素是新疆生态地理背景格局的决定性因素，其中，海拔高度是山区生态地理背景格局的决定性因素，水分条件是平原、沙漠区生态地理背景格局的决定性因素。
生态系统脆弱性研究表明：新疆的生态系统脆弱性总体较高，不脆弱和轻度脆弱区域面积共计仅占区域总面积的26.74％，中度以上脆弱区域占总面积的近73.26％。脆弱性相对较小的区域许多区域分布在山区，难以开发利用。新疆生态系统脆弱性的分布格局受到水分条件的分布的控制，由山区向沙漠区生态系统的脆弱性逐渐增强。
生态系统服务功能重要性研究表明，重要和极重要的区域面积占新疆总面积的64.92％，山区和河流湖泊分布的区域，尤其是阿尔泰山和天山山区，是生态系统服务功能最为重要的区域；在平原区，许多生态系统成为维持防风固沙功能的重要区域；相对封闭的自然环境和极端干旱的自然条件使得新疆许多区域成为许多珍稀、特有或濒危物种栖息的重要区域。
生态地理环境格局研究表明新疆的生态地理环境格局的适宜性总体较差，总面积的89.7％为不适宜区，区域内不存在高度适宜区，比较适宜区域、一般适宜区域和临界适宜区域累计占10.3％。适宜性较好的区域在准噶尔盆地与塔里木盆地周边以流域为单元呈条带状散布。
生态系统治理与保护的格局表明，山区生态系统应以保护为主，阿尔泰山、天山和昆仑山等山地是生态系统保护的重点区域；平原、沙漠区应以治理为主，包括环准噶尔盆地生态治理条带和环塔里木盆地生态治理条带2个重要的环形条带，天山两侧的准噶尔盆地南缘和塔里木盆地北缘是生态治理的最重要地带。
新疆区域发展的格局研究表明新疆的区域发展水平总体较低，发展水平中等以上的区域仅占新疆总面积的1.82％，发展水平为较低和低的区域占98.18％，其中还有79.36％的区域没有人口和GDP分布。新疆发展较好的区域主要以流域为单元，在山前绿洲带呈条带状分布。
生态地理环境与区域发展的关系研究表明新疆的高级协调区占区域面积的1.86％，发展超载区占1.3％，都呈以城市为核心、流域为单元的条带状分布，在天山中西部的山前平原有明显的集中的趋势。低级协调区占92.33％，山区、沙漠区和戈壁区域基本都为低级协调区。潜力发展区占4.51％，主要分布在新疆河流流经的区域，呈环状分布在准噶尔盆地和塔里木盆地周边的沙漠边缘和山前地带。新疆发展的重点区域宜以发展协调区、发展超载区和潜力发展区为主，其中，发展协调区应通过产业升级、结构调整等手段，进一步提升区域的发展竞争力；发展超载区应以产业的结构转移与升级为主，不宜进行对生态环境具有较大影响的大规模开发活动；发展潜力区可以凭借区域相对较高的生态容量和水土资源优势，进行适度的水土资源开发；而低级协调区应以生态系统的治理与保护为主，不宜进行大规模的开发活动。
研究认为，新疆生态地理环境与区域发展的关系极为紧张。高级协调区和发展超载区是新疆发展的的最重要区域，两者的面积之和为51604km2，发展超载的区域占重要区域的41.09％。
研究在遵循区域等级层次原则、区域的相对一致性原则、区域发生学原则和区域共扼原则等的基础上，同时考虑区域的主要生态环境问题、生态危机的轻重程度、地域分布特征、生态整治方向和对策措施的相似性或差异性和区域发展单元的整体性，进行了新疆综合地域发展的区划，将新疆划分为2个一级区，6个二级区，17个三级区和19个四级区，并分析分析了各区域的自然情况、生态治理与保护要求和区域发展思路。